BioSig
BioSig (Biosignal Tools) je open-source knihovna pro zpracování biosignálů, speciálně zaměřená na EEG/MEG/ECoG, ale jsou uvažovány i jiné biosignály, jako ECG, EMG atd. Projekt je veden v patrnosti v projektu Debian-Med.
Projekt BioSig
editovat(Informace dle http://biosig.sourceforge.net/ )
Základní údaje
editovat- http://biosig.sourceforge.net/ – The BioSig Project:
- http://sourceforge.net/projects/biosig/
- http://biosig.sf.net/
- Administrátor projektu: Alois Schloegl http://hci.tugraz.at/schloegl/
- OS: nezávislé na OS
- Licence: GNU General Public License (GPL)
- Programovací jazyky: Octave/Matlab, C/C++, Python, rtsBCI,
- Diskusní skupina biosig-general
- SCM repository: biosig
- SCM Repositories - biosig
Knihovny
editovat- Knihovny podle programovacích jazyků
- biosig4c++ = BioSig for C++
- biosig4octmat = BioSig for Octave and Matlab
- python-biosig = BioSig for Python
Neznamená to ovšem, že by tyto knihovny implementovaly tytéž funkce v rozličných programovacích prostředích. Jedná se pouze o balíky různých funkcí, rozdělené podle užitých programovacích jazyků do tří balíků.
A C/C++ knihovna podprogramů pro čtení a zápis biosignálů v různých datových formátech.
Společný interface pro formáty:
- ACQ(r)
- BDF(rw)
- BKR(r)
- CFWB(rw)
- CNT(r)
- EDF(rw)
- GDF(rw)
- HL7aECG(rw)
- SCP-ECG/EN1064(rw)
A biosignal processing toolbox pro Octave a Matlab – balík nástrojů pro Octave a Matlab. Necelých 200 funkcí – viz přehled na http://biosig.sourceforge.net/help/index.html
Toolbox je rozdělen do následujících kategorií:
- biosig/doc/*: Documentation and help.
- biosig/t100/*: Data acquisition.
- biosig/t200/*: Data formats, loading and saving routines.
- biosig/t250/*: Quality control and artifact processing.
- biosig/t300/*: Signal processing and feature extraction.
- biosig/t400/*: Classification, single trial analysis
- biosig/t450/*: Statistical tests for multiple comparisons.
- biosig/t490/*: Evaluation criteria.
- biosig/t5xx/*: Presentation and output.
- biosig/viewer/*: Interactive viewer and scorer (requires Matlab).
- tsa/*: Time series analysis.
- nan/*: Statistics of data with missing values encoded as NaN (not a number).
Utility
editovatbiosig-tools
editovatKonverzní utilita save2gdf umožní konvertovat data mezi různými formáty:
- BDF
- BVA (BrainVision)
- CWFB
- EDF
- GDF (v1 and v2)
- HL7aECG
- SCP-ECG (EN1064)
- BIN – rozdělí záznam do binárních souborů dle kanálů a dopíše ASCII hlavičku
- ASCII – rozdělí záznam do ASCII souborů dle kanálů a dopíše ASCII hlavičku
Grafický prohlížeč biosignálů (především EEG), Umožňuje pořizovat a ukládat poznámky; napsaný v C++, používá HW nezávislý GUI toolkit Qt 4. Nezávislý na OS, funguje na např. na Linuxu, Microsoft Windows a Mac OS X.
Tento prohlížeč je postaven na výše uvedené knihovně pro C++, demonstruje její možnosti (zpracování biosignálů v různých formátech).
Verze dostupných zdrojových balíků
editovatV současné době (2010-09-22) lze ze stránky
stáhnout následující balíky:
- biosig4c++ v0.93 v sobě obsahuje:
- libbiosig – BioSig for C/C++:
- t210
- t220
- t230
- t240
- matlab (for Octave and Matlab): mexSLOAD + mexSOPEN
- python (Biosig for Python using Swig): biosig.py biosig.so demo.py example.py
- XMLParser
- save2gdf – konverzní utilita
- libbiosig – BioSig for C/C++:
- octave-biosig= BioSig for Octave and Matlab (dříve biosig4octmat) v2.50 – BioSig for Octave, FreeMat, and Matlab
- freetb4matlab v0.43 – Free Toolboxes for Octave and Matlab
- python-biosig (dříve biosig4python) v0.03 – BioSig for Python
- rtsBCI v0.20 (Pro Matlab, ale jen pro MS Windows!)
- SigViewer v0.4.2 (byl přesunut na vlastní stránku:
http://sigviewer.sourceforge.net)
binárky
editovatBalíky jsou k disposici také jako binárky v Debianu a Ubuntu. (Čísla verzí odpovídají situaci 2010-09-22):
knihovny
editovatlibbiosig0
editovat- /usr/lib/libbiosig.so.0.94.1
- /usr/lib/libbiosig.so.0 = -> libbiosig.so.0.94.1
libbiosig-dev
editovat- /usr/lib/libbiosig.a – archiv 169 modulů *.o
- /usr/lib/libbiosig.so -> libbiosig.so.0
– prováže knihovní fce s Octave:
- /usr/lib/octave/3.2.3/site/oct/i486-pc-linux-gnu/mexSLOAD.mex
- /usr/lib/octave/3.2.3/site/oct/i486-pc-linux-gnu/mexSOPEN.mex
- /usr/lib/python2.6/dist-packages/_biosig.so
- /usr/lib/python2.6/dist-packages/biosig.py
utility
editovatbiosig-tools
editovat– konverzní utility:
- /usr/bin/save2gdf – univerzální konverzní utilita
- /usr/bin/save2scp = save2gdf -f=SCP $1 $2 $3 $4 $5 $6 $7
- /usr/bin/save2aecg = save2gdf -f=HL7 $1 $2 $3 $4 $5 $6 $7
sigviewer
editovat- /usr/bin/sigviewer
Dokumentace
editovatDatové formáty
editovatPodporované datové formáty: viz přehledná tabulka na http://hci.tugraz.at/schloegl/biosig/TESTED a dále: http://hci.tugraz.at/schloegl/matlab/eeg/
Formáty, podporované pro čtení i zápis v jazycích Matlab, Octave i C/C++:
- CFWB
- EDF
- GDF v1
- GDF v2
- SCP-ECG
Formáty, podporované pro čtení i zápis v jazycích Matlab a Octave:
- AIFF/C
- AU/SND
- BKR
- CFWB
- HEA/MIT
- SND/AU
- WAV
Formáty, podporované pro čtení i zápis v jazycích C/C++:
- HL7aECG
Formáty, podporované jen pro čtení v jazycích Matlab a Octave: cca 45 dalších datových formátů
Celkem projekt BioSig vede v patrnosti cca 140 různých datových formátů.
Další projekty
editovat- rtsBCI – real-time BCI (Brain-Computer Interface) systém implementovaný v Matlabu a Simulinku (běží pouze pod Windouzím Matlabem!)
- BioProFeed
- BCIx
Související stránky
editovat- Biosignály
- Biosignály: Druhy – různé druhy biosignálů
- Biosignály: Formáty – používané formáty souborů s uloženými biosignály
- Biosignály: Databáze – dostupné databáze biosignálů
- Biosignály: Software – software ke zpracování, analýze, zobrazování a další manipulaci s biosignály
Odkazy
editovatBioSig
editovat- Alois Schlögl (2006): Biosig - An Application of Octave http://hci.tugraz.at/schloegl/publications/schloegl2006_biosig4octave.pdf – úvodní prezentace
- http://biosig.sourceforge.net/help/ – jen Matlab index
- http://hci.tugraz.at/schloegl/biosig/NEWS
- http://www.dpmi.tu-graz.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED
- http://scratchpad.wikia.com/wiki/Medgpl – free/libre and open source medical software.
Podobné stránky a projekty
editovat- Berlin BCI (Brain-Computer Interface): http://ida.first.fhg.de/bbci/index_en.html
- BCI Competition 2005: http://ida.first.fhg.de/projects/bci/competition_iii/
- Data Formats and Matlab/Octave filter: http://hci.tugraz.at/schloegl/matlab/eeg/
- Octave-Forge: http://octave.sf.net/
- libRASCH: http://www.librasch.org/ (knihovna pro společný interface k různým datovým formátům biosignálů, pro Perl, Python, Matlab, Octave, Scilab)
- EEG & MRI toolboxes: http://eeg.sf.net/
- EEGLAB: http://www.sccn.ucsd.edu/eeglab/
- OpenECG: http://www.openecg.net/
- Cost B27: Electric Neural Oscillations and Cognition (ENOC): http://e20.manu.edu.mk/costb27