Uživatel:Kychot/PGS lékařská biofyzika/anotace

Strukturovaný popis experimentálních a klinických dat

V oblasti vědy, výzkumu, pedagogiky aj. se projevuje nutnost stále užší spolupráce v celosvětovém měřítku, což se těsně dotýká i oblasti experimentální fyziky, biofyziky a medicíny. Nestačí již publikovat jen nabyté poznatky, znalosti a výsledky bádání, ale často je nutné sdílet i relativně značné objemy dat nejrůznějších typů a úrovní, neboť je stále více běžné, že jejich zpracování probíhá postupně či dokonce zároveň na různých místech, jako meziprodukt široce distribuované interdisciplinární spolupráce, a je nutno vhodně zpřístupňovat nejen data samotná, ale zejména informace o místě, tvaru, okolnostech atd. jejich uložení. Na druhé straně si postupně narůstající uvědomění o právní a etické ochraně osobních dat vynucuje pečlivě nejen rozlišovat, ale i prakticky zabezpečit, která data a na jaké úrovni je možno a nutno zpřístupnit jakým subjektům a která je nutno naopak chránit před zneužitím. Takovýmto způsobem stále hlouběji a často protichůdně vzájemně intervenují různé požadavky vědecko-výzkumné, prakticko-klinické, školské, politické, etické, společensko-právní a v neposlední řadě i filosofické. Problémy vynucené takovýmito aspekty reálných dat nejsou dosud uspokojivě zpracovány a jejich řešení si ještě vyžádá značného úsilí, a to nutně v rámci široce pojaté mezinárodní spolupráce. Nastíněné otázky jsou zvláště citlivé jak v oblasti klinických vyšetření, tak i v oblastech vědy, výzkumu a výuky, a v nastávajím čase postupné celoevropské i celosvětové itegrace a globalizace stávají se pro nás zvláště urgentními, neboť jejich zanedbání vede až ke katastrofickým důsledkům.

Anotovaný projekt si klade za cíl přispět k tomuto vývoji v oblasti representace a sdílení experimentálních a klinických biofyzikálních dat, zejména v oblasti biosignálů a digitalizovaných výsledků zobrazovacích metod. Vzhledem k tomu, že se jedná o oblast neobyčejně živou, lze těžko předem projektovat přesný výzkumný postup; každopádně lze však říci, že jeho podstatou bude účast na spoluvytváření fungujících mechanismů, které umožní nutnou kooperaci pro vznik a údržbu konvencí mezi různě zainteresovanými subjekty.

Dnes si lze těžko představit, že zmíněná biofyzikální data by mohla být representována jinak než formou deskripce struktur objektů, interagujících v rámci vymezených relací. Takovéto deskriptory jsou často nazývány metadaty, tj. "daty o datech". Z tohoto hlediska se v současné době optimálním popisem jeví využití takových formátů, jakými jsou např. universální značkovací jazyky SGML a jeho podmnožina XML. Jejich flexibilita tkví v tom, že vymezují pouze syntax na té nejobecnější úrovni, zatímco pro formování reálně použitelných a zpracovatelných dat dokáží spolupracovat s dalšími dokumenty, definujícími pravidla, šitá na míru reálným situacím (např. v jazyce DTD).

Používání formátu XML prochází v současnosti bouřlivým rozvojem, zejména proto, že se jedná o význačného konkurenta HTML formátu, masově používanému ve WWW. I když jsou v současné době používány různé DTD pro oblast matematiky, chemie atd., nepodařilo se nám dosud objevit existující DTD, odpovídající specifickým potřebám experimentální či lékařské fyziky a biofyziky. V tomto ohledu by jedním z parciálních výstupů projektu byla i spolupráce na vytváření takovýchto specifických dokumentů. Nicméně z hlediska časového horizontu uvažovaného projektu další vývoj v tomto směru lze jen těžko předvídat .

Jasné však je, že postupující vývoj celé informační společnosti postupně zlikviduje přetrvávající používání různých proprietárních formátů na úrovni nejen inter-, ale i intrainstitucionální komunikace. Z tohoto hlediska se mi jeví včasné zapojení naší fakulty do probíhajících procesů jako nevyhnutelné, čemuž by měl napomoci i anotovaný projekt, unmožňující - shodou okolností - i možnost výhodné spolupráce s dalšími navrhovanými projekty na naší fakultě.