Krizové řízení pandemie/Biologická Kryptografie/Genetický kód SARS-COV-2: Porovnání verzí

Přičemž virologická analýza je následující: '''''"Vylučování viru hltanu bylo během prvního týdne příznaků velmi vysoké, přičemž vrchol byl 7,11 × 108 RNA kopie na krční výtěr na 4. den infekce a byl izolován z hrdla nebo plic, ale ne ze vzorků stolice. Vzorky krve a moči nikdy nepřinesly výsledky indikace viru na přítomnost RNA. Aktivní replikace viru v krku byla potvrzena přítomností virových replikačních meziproduktů RNA ve vzorcích hrdla. Důsledně jsme detekovali sekvenci populace viru v krčních a plicních vzorcích od jednoho pacienta, což dokazuje nezávislou replikaci. Vylučování virové RNA skončilo souběžně s koncem příznaků. Sérokonverze se vyskytla po 7 dnech u 50 % pacientů (ve 14 dnech u věchvšech pacientů), ale nebyla následována rychlým poklesem virové zátěže. Covid-19 se může oběvovat jako mírné onemocnění horních cest dýchacích. Potvrzení aktivní replikace viru v horních dýchacích cestách je důvodem pro uzavření vyšetření s nálepkou covid-19 infikovaný."''''' Přičemž nenalezení RNA viru v krvi a moči je zajímavá. "Žádný z 27 vzorků moči a žádný z 31 vzorků z séra nebyl pozitivní na RNA viru SARS-CoV2." Očekával bych totiž, že se v krvi objeví. Pozoruhodné je také skutečnost, že se růst replikace virů zataví s koncem příznaků, přičemž virus je indikován i týdny poté. Z jiných případů nemající sovuislost se zminovanou stutií se s vrholem replikace a odezněním příznaků objevilla cytokynová bouře, kterou pacienti nepřežili. Je jasné že vrchol replikace viru představuje zásadní bod zlomu v procesu replikace a průběhu nemoci covid19. Vědci si lámou hlavu, jestli je virus v tomto stavu po odeznění příznaků ještě aktivní nebo nikoliv. Prozatím se zdá že pokud nenastane cykotinová bouře tak nikoliv. Protože pokud tato situace nenastane nemusí být imunitní systém člověka poražen a virus možná prohrál svůj boj, pokud si však nenašel cestičku k ovlivnění imunitného systému napadením jater. V takovém případě se ale nemoc projevuje jinak a má jiné vážné důsledky jako například stmavnutí kůže, vznik skraženin v cévách nebo poškození jater. Avšak upozorňuji že, toto vysvětlení souvislostí cykotinové bouře a poškozením jater je čistě mojí dedukcí se zmiňovanou Německou studii nesouvisí.

Na základě strukturálních studií a biochemických experimentů se zdá, že SARS-CoV-2 má RBD, který se váže s vysokou anfinitou na ACE2 u lidí, fretek, koček a jiných druhů s vysokou homologií tohoto receptoru ACE2. Jeho univerzálnější povaha je silnou zbraní viru a současně jeho největší slabinou, ale pouze v případě, pokud bude ploblematikaproblematika RBD dostatečně vyzkoumána. Její výzkum vyžaduje komplexnější a univerzálnější povahu, schopnou dostatečně pochopit mechaniku fungování mezibuněčného přenosu a vímat(?)vnímat RDB problematiku jako komplexní systém. V takovém případě existuje naděje po univerzálněji fungující očkování nebo vývoje metod tvorby nových variant očkování jenž by umožňovalo bojovat s variabilitou genetického vývoje viru do budoucna a být tak konečně krok napřed v tomto boji. Zatím se však zdá, že virus SARS-CoV-2 je vždy o několik kroků napřed před námi.

Genom koronavirů se pohybuje o délce od 26 do 32 tisíc bází přičemž virus SARS-CoV-2 má přibližně 30 tisíc bází. SoučastněSoučasně však obsahuje proměnlivý počet ORF sekvencí. Původní genom SARS-CoV-2 měl údajně 14 ORF kódujících 27 proteinů. Většina těchto proteinů představovala glykoprotein SPIKE-S a BRD, kteří hrají důležitou roli při vazbě na receptory hostitelské buňky. Obecně platí, že SPIKE-S protein podobný vitamínu K je funkčně rozdělen na domény S1 a S2. Dalších osm doplňkových proteinů a čtyři hlavní strukturální poteinyproteiny, včetně povrchového proteinu S (vitamín K) a malé obaálkyobálky E, proteinu matrice M, a nukleokapsodového proteinu N.

Když vědci porovnávají SARS-CoV-2 a SARS-CoV na úrovni aminokyselin, všimli si, že SARS-CoV-2 je velmi podobný SARS-CoV, avšak našli i významné rozdíly v proteinech označené jako 8a, 8b a 3b. Ze srovnání s MERS CoV, vědci zjistili, že MERS je více vzálenějšívzdálenější než SARS ke studovanému viru SARS-CoV-2. Vzhledem k úzkému vztahu mezi novým SARS-CoV-2 k SARS-CoV se přesto funkčnost jednotlivých aminokyselin liší.

Objevením a analyzováním sekvencí ORF v SARS-CoV-2 se zjistilo, že mutace na hladinách nukletidů i aminokyselnaminokyselin byly oměrněpoměrně vzácné. Nicméně mutace existovaly. RNA viru je nevidaněnevídaně stabilní vůči degradaci. Mutace se vysktlyvyskytly u více než tří kmenů. Mutace byly nalezený v těchto částech (souřadnícíchsouřadnicích) genomu: 1a (nt2662,8782,11083), 1b (nt17373,18060), S (nt21707,24034), 3a (nt26144), M (nt26729), 8 (nt28077,28144), N (nt28854,29095). Pozoruhodné je, že pozice 8:nt28144 vykazovala nejvyšší rychlost mutace až 30,53 %. Přičemž často byla nahazenanahrazena báze T za C. Podobně pozice 1a:nt8782 vykazovala rychlost mutace 29,47 % kde naopak báze C byla nahraznanahrazena T.

Výsledky výzkumu a analýzy viru SARS-CoV-2 z celého světa naznačují, že se virus mění, tedy mutuje. Výzkumy se soustředili především na geny kódující proteiny hrotů SPIKE-S. Nejvíce převládají mutací součastnostisoučasnosti, jenž se rozšířila po celém světě je varianta D614G, která se vyskytuje prakticky ve všech lokolitáchlokalitách mimo Čínu. Alespoň tomu tak kolem půlky května rozhodně bylo. Během psaní tohoto článku se již zdá, že tato mutace existuje už i v Číně. Zdá se, že tato mutace převládá především ve Wu-chanu v původním ohnisku celé pandemie, zatímco ve zbytku číny vládnou jiné kmeny tohoto viru.

Tato situace se postupně mění a stále více a více výzkumů tvrdí, že naopak ano, mutace D614G je infekčnější. Zatímco William Hanage z Harvard University (T. H. Chan School of Public Health) tvrdí, že nová mutace se rozšířila ani ne tak díky svým vlastnostem, ale především díky zemím, které zpočátku váhali se zavedením restriktivních opatření. Tedy, že masivní rosšířenírozšíření mutace D614G nesouvisí s jeho údajnou vyšší infekčností. Stejně tak studie Lawrence Young z britské University of Warwick uvádí, že rozdílná infekčnost kmenů viru je pouhá spekulace. Dále tvrdí, že genetická odlišnost jendotlivýchjesnotlivých kmenů jakéhokoliv patogenu jsou v prípaděpřípadě masivního rozsšířenírozšíření normální, očekávatelné a ve většině případů sami o sobě neznamenají důvod k obavám.

Kvůli masivnímu rozšíření mutace D614G se stále více a více výzkumů vývoje vakcíny věnují právě této mutaci. Paralelní výzkumy vakcín pro jiné kmeny SARS-CoV-2 však prozatím naznačují, že rozdílné mutace prozatím nemají zásadní vliv na účinnost vývíjnévyvíjené vakcíny. Tedy že dosavadní výsledky fungují u ruznýchrůzných kmenů viru relativně stejně, jen s minimálními rozdíly v účinnosti.