Krizové řízení pandemie/Biologická Kryptografie/Genetický kód SARS-COV-2: Porovnání verzí
Smazaný obsah Přidaný obsah
→SARS-COV-2: pravopis, překlepy značky: editace z mobilu editace z mobilního webu |
→Systém RBD: maxipravopis (určitě ne vše) značky: editace z mobilu editace z mobilního webu |
||
Řádek 42:
=== Systém RBD ===
Hrot SPIKE-S je glykoprotein typu "S" na jehož vrcholku je
Každý hrot typu S je kolem 20nm velká povrchová projekce, která obklopuje periferii koronaviru a značně se liší mezi různými koronaviry. U virů tohoto typu byli identifikovány dva typy S hrotů (S1 a S2). Přičemž hrot S1 obsahuje pouze 2 glykosylační místa, která vylučují krátké fragmenty RBD. Tento proces se nazývá '''glykosylace'''.
Funkční oblast hrotu je
Protože je BRD membránový glykoprotein, napodobuje virus přirozený mechanizmus uvnitř hostitelského organismu, který za normálních okolností umožňuje mezibuněčný přenos výživy buňky. Proto si viru imunitní systém příliš nevšímá. Virus tedy používá klíč, který imunitní systém zná a který vypadá velmi podobně jako místní klíče. Proto jej imunitní systém vnímá jako běžnou součást organismu.
Řádek 52:
Mezi virem MERS-CoV (způsobující nemoc MERS) a virem SARS-Cov (způsobující nemoc SARS, popřípadě jeho novější varianta způsobující Covid19) se od sebe liší především hrotem S1. V případě MERS je hrot schopen se vázat na receptor DPP4/CD26. Přičemž RBD u MERS tvoří komplex s extracelulární doménou DDP4 (S39-P766). Základní domény RBD tedy zůstávají podobné. Aspoň tedy po chemické stránce, avšak značně se liší svým prostorovým uspořádáním. Právě tento rozdíl v prostorovém uspořádání má ve výsledku vliv na odlišnosti ve schopnosti vázat se na receptory hostitelské buňky. Neboli způsobuje odlišnou afinitu receptorů.
Právě proto, že existují takové
U viru SARS-CoV-2 má RBD zkroucený 5-plet antiparalel beta-list s krátkými spojovacími helicemi a smyčkami, přičemž jádro je mezi β4-7 prameny, s dalším prodlouženým vložením obsahujícím krátké β5-6 prameny jenž obsahují kontaktní molekuly BRD, které mu
Přičemž tuto schopnost získala virus od svého předka netopýřího viru, který se taktéž váže na receptor ACE2. Tudíž se tato konkrétní varianta RBD s hrotem S1 silně váže jak na člověka, tak netopýra. Specializace na ACE2 umožňuje mezidruhový přenos, neboť tento receptor ACE2 se vyskytuje u mnoha organismů. Především však u savců.
Tento netopýři koronavir RaTG13 (který je
Některé současné studie prokázaly, že polyklonální protilátky specifické pro SARS-CoV RBD mohou křížově reagovat s proteinem SARS-CoV-2 RBD, aby inhibovaly vstup do ACE2 in vitro. Léky vyvíjené pro léčbu nemoci SARS mají tedy určitý potenciál i při léčbě Covid19, avšak jejich účinnost není zatím dostatečně efektivní. Vyžadují tedy vhodnou modifikaci, přičemž potřebná modifikace není v okamžiku psaní tohoto textu ještě uspokojivě známa. Nicméně z toho vyplívá, že některé již existující látky mají potenciál (pokud se budou nadále vyvíjet) k zabránění šíření viru, neboť narušují schopnost viru se vázat na hostitelskou buňku a tím virus ztrácí schopnost replikace. Protože virus potřebuje ke své replikaci hostitelskou buňku.
Řádek 66:
Protilátka CR3002 je získána z krevní plazmy od vyléčených pacientů jenž onemocněli SARS nebo Covid19. Přesto protilátka vyžaduje hlubší analýzu sekvence prostorového uspořádání RBD, za účelem vývoje očkování.
'''Stručně řečeno je RBD kritickou složkou virového hrotu SPIKE-S, který se nachází na koronavirech včetně nového SARS-CoV-2, který způsobuje nemoc Covid19. RBD přestavuje klíčovou doménu, jenž umožňuje vázat se na hostitelské buňky člověka i některých dalších savců. Představuje strategicky nejdůležitější téma výzkumu mající za cíl poražení Covid19. Výzkum RBD bude hrát nejzásadnější a nejdůležitější
Doména vázající se na receptor RBD v proteinu SPIKE-S je nejvariabilnější části genomu koronaviru. Z hlediska evolučních mechanizmů, se virus velice významně specializuje na vývoj těchto hrotů zejména však na RBD. Lze proto očekávat, že budou vznikat nové mutace a schopnost se adaptovat pomocí RBD se bude u viru vyvíjet rychleji než jiné jeho části. Úspěšný vývoj očkování proti tomuto viru musí nutně jít ruku v ruce s vývojem genetické analýzy viru. Hrozí totiž nebezpečí, že vývoj vakcíny (tedy očkování) bude fungovat pouze dočasně nežli přijde virus s efektivnější mutací.
Avšak skutečnost, že mechanizmus RBD je v jistém smyslu univerzálního charakteru, skýtá naději pro univerzálnější řešení vývoje vakcíny. Základní charakteristika RBD je totiž ve své podstatě stejná. Ukázalo se, že šest aminokyselin z proteinu RBD je pro vazbu ACE2 klíčová a je dokonce schodná s viry SARS-CoV7, SARS-CoV a jedná se o souřadnice genomu Y442, L472, N479, D480, T487 a Y4911. Tyto aminokyseliny odpovídají genomu viru SARS-CoV-27 na
Na základě strukturálních studií a biochemických experimentů se zdá, že SARS-CoV-2 má RBD, který se váže s vysokou anfinitou na ACE2 u lidí, fretek, koček a jiných druhů s vysokou homologií
Ačkoliv tedy uvedené analýzy naznačují, že SARS-CoV-2 se může vázat efektivně na lidský ACE2, tak výpočetní analýzy předpovídají, že interakce není ideální a že sekvence RBD se liší od sekvencí existujících v SARS-CoV (způsobující nemoc SARS). Interakce mezi RBD a ACR2 není ideální (tedy není dokonalá) protože RBD viru je pouhou náhražkou a velmi dobrou
Vzhledem k hydrofobní povaze těchto membránových lipidů, triglyceridů a cholesterolu, vyžadují k transportu speciální transportní proteiny známé jako lipoproteiny. Jejich
Virus sám o sobě má glykoproteinovou a lipidovou povahu, tedy je z velké části tvořen z tuků jakožto obalu či kostře viru uvnitř kterého je RNA. Protože je vir jakýmsi kusem vysoce strukturovaného tuku, využívá k transportu do buňky podobnou strategii. Virus přepsáním RNA jaterních buněk nejspíše spouští proces změny tvorby enzymů uvnitř jater z cílem obelstít imunitní systém tím, že mění výrobu některých enzymů. Čímž ale zásadně zasahuje do tvorby některých důležitých enzymů jako například produkce vitamínu D jenž je enzymem podílejícím se na fungování imunitního systému.
Řádek 82:
Přičemž hrot SPIKE-S je podobný složením takzvaného prodejnu S, což je vlastně vitamín K tvořený v játrech. Tento vitamín K tělo využívá k výrobě transportních proteinů protože hraje významnou roli v inhibici koagulace. Je kofaktorem aktivovaného proteinu C, se kterým vytváří komplex.
Aby se mohl virus množit potřebuje k tomu vhodné stavební kameny proto ovlivňuje výrobu vitamínu D a vitamínu K. Přičemž vitamín K slouží jako stavební kámen na výrobu hrotů SPIKE-S. Deficit vitamínu K může vyvolat hemoragickou chorobu. Tím že virus zaměstná játra k výrobě vitamínu K pro množení viru samotného muže dojít k nedostatku vitamínu K, který organismus potřebuje jinde. Právě takto způsobují některé patogeny například krvácivou horečku, jako například při nemoci Dengue,
Svou strukturou je tedy virus SARS-CoV-2 podobný virům Lassa, Junin, Machupo, Gaunarito ale také virům HIV, žloutence, nebo
Dalším významným rysem SARS-CoV-2 je polybasické štěpné místo (RRAR) na hrotech S1 a S2. To
=== Sekvence ORF ===
|