Krizové řízení pandemie/Biologická Kryptografie/Genetický kód SARS-COV-2: Porovnání verzí

RannéRané výzkumy z počátku pandemie většinou z čínského Wu-Chanu nebo z USA popřípadě ještě z Itálie jsou sice velice hodnotné avšak často vzájemně nekonzistentní pro svou lokálnost. Přesto všechno je patrné, že začátkem roku se virus choval jinak než později v létě. I z hlediska výzkumu genů a mapování existujících kmenů viru je patrné, že se od této doby virus proměnil a v současném létu 2020 již celosvětově převládají dva kmeny viru (nejčatějinejčastěji mutace D614G a ... ), přičemž se proměnil i způsob jakým se tato patogenita u člověka projevuje.

'''''"Počáteční ohniska v Číně zahrnovala 13,8 % případů s těžkými cykly a 6,1 % případů s kritickými cykly. Tato závažná prezentace může být důsledkem viru s použitím virového receptoru, který je exprimován převážně v plicním; předpokládá se, že stejný receptor tropismus určil patogenitu – ale také pomáhal při kontrole – závažného akutního respiračního syndromu (SARS) v roce 2003."''''' Studie tímto receptorem míní již výše zmiňovaný receptor ACE2. Jedná se o Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) což je enzim ve formě proteinu, který umožňuje viru infikovat lidské buňky. Tento ACE2 receptor poskytuje vstupní bod pro koronavirus a je prostředkem k infikaci široké škály lidských buňěkbuněk. Tato zjištění jsou velice důležitá, protože tato vědomost může sehrát podsatnoupodstatnou roli při hledání léku nebo vakcíny.

Přičemž virologická anlýzaanalýza je následující: '''''"Vylučování viru hltanu bylo během prvního týdne příznaků velmi vysoké, přičemž vrhcholvrchol byl 7,11 × 108 RNA kopie na krční výtěr na 4. den infekce a byl izolován z hrdla nebo plic, ale ne ze vzorků stolice. Vzorky krve a moči nikdy nepřinesly vysledkyvýsledky indikace viru na přítomnost RNA. Aktivní replikace viru v krku byla potvrzena přítomností virových replikačních meziproduktů RNA ve vzorcích hrdla. Důsledně jsme detekovali sekvenci populace viru v krčních a plicních vzorcích od jednoho pacienta, což dokazuje nezávislou replikaci. Vylučování virové RNA skončilo souběžně s koncem příznaků. Sérokonverze se vyskytla po 7 dnech u 50 % pacientů (ve 14 dnech u věch pacientů), ale nebyla následována rychlým poklesem virové zátěže. Covid-19 se může oběvovat jako mírné onemocnění horních cest dýchacích. Potvrzení aktivní replikace viru v horních dýchacích cestách je důvodem pro uzavření vyšetření s nálepkou covid-19 infikovaný."''''' Přičemž nenalezení RNA viru v krvi a moči je zajímavá. "Žádný z 27 vzorků moči a žádný z 31 vzorků z séra nebyl pozitivní na RNA viru SARS-CoV2." Očekával bych totiž, že se v krvi objeví. Pozoruhodné je také skutečnost, že se růst replikace virů zataví s koncem příznaků, přičemž virus je indikován i týdny poté. Z jiných případů nemající sovuislost se zminovanou stutií se s vrholem replikace a odezněním příznaků objevilla cytokynová bouře, kterou pacienti nepřežili. Je jasné že vrchol replikace viru představuje zásadní bod zlomu v procesu replikace a průběhu nemoci covid19. Vědci si lámou hlavu, jestli je virus v tomto stavu po odeznění příznaků ještě aktivní nebo nikoliv. Prozatím se zdá že pokud nenastane cykotinová bouře tak nikoliv. Protože pokud tato situace nenastane nemusí být imunitní systém člověka poražen a virus možná prohrál svůj boj, pokud si však nenašel cestičku k ovlivnění imunitného systému napadením jater. V takovém případě se ale nemoc projevuje jinak a má jiné vážné důsledky jako například stmavnutí kůže, vznik skraženin v cévách nebo poškození jater. Avšak upozorňuji že, toto vysvětlení souvislostí cykotinové bouře a poškozením jater je čistě mojí dedukcí se zmiňovanou Německou studii nesouvisí.

Objevením a analyzováním sekvencí ORF v SARS-CoV-2 se zjistilo, že mutace na hladinách nukletidů i aminokyseln byly oměrně vzácné. Nicméně mutace existovaly. RNA viru je nevidaně stabilní vůči degradaci. Mutace se vysktly u více než tří kmenů. Mutace byly nalezený v těchto částech (souřadnících) genomu: 1a (nt2662,8782,11083), 1b (nt17373,18060), S (nt21707,24034), 3a (nt26144), M (nt26729), 8 (nt28077,28144), N (nt28854,29095). Pozoruhodné je, že pozice 8:nt28144 vykazovala nejvyšší rychlost mutace až 30,53 %. PčitemžPřičemž často bylbyla nahazena báze T za C. Podobně pozice 1a:nt8782 vykazovala rychlost mutace 29,47 % kde naopak báze C byla nahrazna T.

Přičemž na úrovni aminokyselin byli v těchto místech genomu zjištěny mutace: 1a (aa3606), S (aa49,860), 3a (aa251), 8 (aa62,84), N (aa194). Kromě toho bylo nalezeno šest zvláštních mutací v pěti izolovaných kmenech. Tyto mutace vedly ke čtyřem různým zkrácením sekvence aminokyselin.