Krizové řízení pandemie/Biologická Kryptografie/Genetický kód SARS-COV-2: Porovnání verzí
Smazaný obsah Přidaný obsah
Řádek 103:
Například ORF 1a podlehla mutaci C za T na stránce 2662 a to samé na genové stránce 8782. Zatímco na genové stránce 11083 se G mění za T. Také u ORF 1b se obvykle mění C na T a to na genových stránkách 17373, 18060. A takto by se dalo pokračovat dále. Ve většině případě až na výjimky vedly tyto mutace ke změně kódování aminokyseliny.
=== Mutace D614G ===
Výsledky výzkumu a analýzy viru SARS-CoV-2 z celého světa naznačují, že se virus mění, tedy mutuje. Výzkumy se soustředili především na geny kódující proteiny hrotů SPIKE-S. Nejvíce převládají mutací součastnosti, jenž se rozšířila po celém světě je varianta D614G, která se vyskytuje prakticky ve všech lokolitách mimo Čínu. Alespoň tomu tak kolem půlky května rozhodně bylo. Během psaní tohoto článku se již zdá, že tato mutace existuje už i v Číně. Zdá se, že tato mutace převládá především ve Wu-chanu v původním ohnisku celé pandemie, zatímco ve zbytku číny vládnou jiné kmeny tohoto viru.
To naznačuje, že mutace D614G vznikla v původním ohnisku nula, odkud se rozšířila do Evropy a USA. Za výrazně horší průběh pandemie v Itálii, stála především tato zmiňovaná mutace. Mutace pravděpodobně vznikla v době šíření s Číny do Itálie. Není však jasné, zda mutace vznikla až v Itálii nebo ještě v Číně. Avšak vzhledem k tak masivnímu výskytu ve Wu-chanu, lze předpokládat že mutace vznikla ještě v Číně.
První výsledky výzkumu dávali tušit, že dominantní rozšíření může větší infekčnost této mutace. Tedy že tato mutace se šíří mnohem efektivněji než ostatní kmeny. Což následně analýza genomu viru potvrdila. Závěry ovšem dosud neprošly odbornou oponenturou a zveřejňovány pouze jako předběžné výsledky. Přičemž někteří odborníci mají jiný názor s tím, že důkaz o větší infekčnosti mutace neexistuje.
Tato situace se postupně mění a stále více a více výzkumů tvrdí, že naopak ano, mutace D614G je infekčnější. Zatímco William Hanage z Harvard University (T. H. Chan School of Public Health) tvrdí, že nová mutace se rozšířila ani ne tak díky svým vlastnostem, ale především díky zemím, které zpočátku váhali se zavedením restriktivních opatření. Tedy, že masivní rosšíření mutace D614G nesouvisí s jeho údajnou vyšší infekčností. Stejně tak studie Lawrence Young z britské University of Warwick uvádí, že rozdílná infekčnost kmenů viru je pouhá spekulace. Dále tvrdí, že genetická odlišnost jendotlivých kmenů jakéhokoliv patogenu jsou v prípadě masivního rozsšíření normální, očekávatelné a ve většině případů sami o sobě neznamenají důvod k obavám.
Ovšem z výzkumu ORF sekvencí bylo prokázáno, že mutace onoho viru se soustřeďují především na jeho funkční část, tedy že většina mutací má vliv na změnu kódování aminokyseliny a to na pozicích jenž byla identifikována jako tvorba proteinů pro hroty SPIKE-S a jejich stykové čepičky BRD. Mutace se tedy soustředí především na místa, která mění schopnost se šířit. Přičemž nejvýznamnější změnou lze považovat ORF 1b (P314L). Přesto je na tomto místě genu obtížné rozeznat funkční význam.
Přesto všechno byl tento gen 1b objeven především u koronavirů, které se vyznačují právě svou vysokou infekčností. Tito viry prozatímně označujeme jako S-Viry. Tato souvislost genu u S-Virů dává tušit, že gen 1b zvyšuje infekčnost viru.
Kvůli masivnímu rozšíření mutace D614G se stále více a více výzkumů vývoje vakcíny věnují právě této mutaci. Paralelní výzkumy vakcín pro jiné kmeny SARS-CoV-2 však prozatím naznačují, že rozdílné mutace prozatím nemají zásadní vliv na účinnost vývíjné vakcíny. Tedy že dosavadní výsledky fungují u ruzných kmenů viru relativně stejně, jen s minimálními rozdíly v účinnosti.
'''Výzkumy tedy prozatím nasvědčují tomu, že mutace hrotů SPIKE-S pravděpodobně neovlivňuje odpověď imunitního systému, ale může teoreticky ovlivňovat efektivnost šíření viru. Virus se tak nejspíše bude šířit rychleji a lépe, ale nejspíše si zachová svou nízkou úmrtnost a patogenitu. Jde sice o logický předpoklad, který se dokonce zdá v současnosti funguje podle tohoto scénáře. <big>Avšak je nutné zdůraznit, že neznáme všechny možné důsledky takovýchto změn v genomu viru.</big>'''
== Závěr ==
| |||