PhysioToolkit

PhysioToolkit PhysioToolkit je velká a stále rostoucí softwareová knihovna pro zpracování a analýzu fyziologických signálů.

Základní údaje

• Domácí stránka projektu: www.physionet.org/physiotools
• Licence: GPL

Celá knihovna sestává z několika balíků:

WFDB Software Package

WFDB je hlavní softwareový balík PhysioToolkitu, kolekce různých programů posbíraných v průběhu posledních dvaceti let.

Podporované OS:

• FreeBSD
• GNU/Linux
• Mac OS/X (Darwin)
• MS-Windows
• Solaris

Hlavní části balíku:

WFDB library

Licence: LGPL

Programovací jazyky: ANSI/ISO C, K&R C, C++, Fortran

OS: Unix, MS-DOS, MS-Windows, the Macintosh OS, VMS

Knihovny funkcí, určené především pro čtení a zápis dat v různých formátech, zejména používaných databází PhysioBank.

Kromě toho knihovna obsahuje dva další balíky jako interface mezi knihovními funkcemi a dalšími jazyky:

• WFDB_tools – Perl, Python, C# (a další .NET jazyky), Java
• wfdb-swig – jazyky podporované SWIG, jako jsou skriptovací jazyky Perl, PHP, Python, Tcl a Ruby. a neskriptovací jazyky jako C#, Common Lisp (CLISP, Allegro CL, CFFI, UFFI), Java, Lua, Modula-3, OCAML a R, jakož i některé interpretované i kompilované implementace Scheme (Guile, MzScheme, Chicken).

WFDB applications

Rozsáhlý soubor řádkově orientovaných (a tedy dobře přenositelných) příkazů pro zpracování a analýzu signálů, rozdělené do tří adresářů:

• app – cca 40 různých aplikací (viz WFDB Applications Guide)
• convert – konverze do cizích formátů nepodporovaných přímo MIT (tj. PhysioBank neboli WFDB), zejména EDF (European Data Format) a AHA DB.
• psd – Power spectral density estimation

WAVE

WAVE je interaktivní grafické prostředí pro manipulaci s naměřenými daty, vytvořené pomocí knihovny WFDB. Je postavený na XView toolkit a tím pádem je přenositelný na operační systémy GNU/Linux, FreeBSD PCs, Mac OS X, MS-Windows, Sun workstation.

Instalace

Stačí stáhnout binárku wawe a knihovnu wfdb:

cd /usr/local/bin
wget -m http://www.physionet.org/physiotools/binaries/intel-linux/wfdb/usr/bin/wave
cd /usr/lib
wget -m http://www.physionet.org/physiotools/binaries/intel-linux/wfdb/usr/lib/libwfdb.so.10.4
ln -s libwfdb.so.10.3 libwfdb.so.10
ln -s libwfdb.so.10.3 libwfdb.so
/sbin/ldconfig

ldd wave
        libssl.so.5 => not found
        libcrypto.so.5 => not found
...
        libssl.so.0.9.8 => /usr/lib/i686/cmov/libssl.so.0.9.8 (0xb79db000)
        libcrypto.so.0.9.8 => /usr/lib/i686/cmov/libcrypto.so.0.9.8 (0xb7891000)
??
ln -s libssl.so.0.9.8 libssl.so.5
ln -s libcrypto.so.0.9.8 libcrypto.so.5
/sbin/ldconfig

Matlab a Octave

Popis, jak číst a zapisovat data ve formátu WFDB v prostředí Matlab a Octave a pár dalších aplikací.

Další balíky

Kromě knihovny WFDB existuje řada dalších aplikací. Jejich seznam je v přehledné tabulce PhysioToolkit Software Index

Související stránky

• Biosignály: Software