Debian-Med/Tille/v0.1-11 SGML
< Debian-Med | Tille
<!doctype linuxdoc system>
<article>
*<title>Debian-Med<newline>
Free Software in Health Care</title>
<title>Debian-Med<newline>
Svobodný software /*1,2*/ ve zdravotní péči</title>
<author><name>Andreas Tille <htmlurl url ="mailto:tille(zavinac)debian.org" name="<tille(zavinac)debian.org>"></name>
<author><name>překlad: Kychot</name>
<date>v0.1 11 March 2003
<abstract>
*Free operating systems such as Linux are widely deployed on all sorts
of servers, and also making inroads on desktop systems run by end
users. The main motivations for this development are security and
total cost of ownership. The end users have particularly been
stimulating the development of free office applications, which have a
wide audience.
Poté, co se svobodné operační systémy jako Linux rozšířily na všechny
druhy serverů, nastupují i na desktopové systémy koncových uživatelů.
Hlavní motivací takového vývoje je bezpečnost a cena. A byli to právě
koncoví uživatelé, kteří stimulovali vývoj svobodých kancelářských
aplikací, jež se dočkaly takové pozornosti.
*As for specialized tasks such as managing a medical practice, there is
a much smaller set of users and thus the number of gifted programmers
among this set of users is drastically smaller compared to everyday
usage. However, Free Software has previously tried to address several
different special fields, in some cases as well as proprietary
alternatives.
Avšak tak specializované úlohy, jako např. správa lékařské ordinace,
naleznou daleko menší počet uživatelů a tím pádem je i počet talentovaných
programátorů v této oblasti nesrovnatelně menší než u aplikací pro
každodenní použití. Nicméně svobodný softwér již předtím
zvládnul rozličné speciální oblasti, v některých případech stejně dobře
jako proprietární /*3*/ alternativy.
*This trend actually also makes sense from a commercial perspective, as
support and maintenance require experts with specialized knowledge,
and therefore account for most of the cost anyway. As such, it
becomes reasonable to have a business model in which developers give
the software away freely but then charge for its support.
Tento trend ve skutečnosti dává smysl komerční perspektivě, neboť
podpora a údržba takových systémů vyžaduje experty se specializovanými
znalostmi. Stává se rozumným takový obchodní model, kdy vývojáři
nabízejí softwér zdarma, avšak uživatelská podpora je zpoplatněna.
*This paper gives an overview of the current state of Free Software
for medicine ranging from medical practice management up to
microbiological research. Moreover, it sketches how all this software
will be integrated into the Debian GNU/Linux distribution by the so
called Debian-Med project, and explains the motivation for basing the
project on Debian rather than some other distribution.
Předložená stať podává přehled o současném stavu svobodného softwéru
pro medicínu v rozsahu od správy lékařské ordinace až po mikrobiologický
výzkum. Navíc skicuje, jak celý tento softwér může být integrován
do debianské /*4*/ GNU/Linux distribuce jako tzv. projekt Debian-Med,
a objasňuje motivace, proč je tento projekt založen právě na Debianu
a nikoli na nějaké jiné distribuci.
</abstract>
<toc>
<sect>
* <heading>Motivation</heading>
<heading>Motivace</heading>
<p>
*There are quite a different applications of electronic data processing
in health care. This results in different target users with special
needs. So some kind of classification has to be done:
Ve zdravotní péči máme různé aplikace pro zpracování elektronických dat
a podle toho pak také máme různé cílové skupiny uživatelů se speciálními
požadavky, které si můžeme roztřídit do následujících kategorií:
</p>
<p>
<descrip>
*<tag/General practice/
<tag/Všeobecná lékařská praxe/
<itemize>
* <item>The most important thing for general practitioners is a secure
and trustworthy paperless practice management system. Data
loss in everyday work or upon conversion to other systems is
unacceptable. Patient data have to be absolutely secret and
must not be viewed by third party eyes. Last but not least it
must be provable that data sets are unchanged because only
this makes electronic record a complete replacement of
records written on paper.
<item>Nejdůležitější věcí praktického lékaře je bezpečný a spolehlivý
systém správy ordinace. Je nepřípustná ztráta dat při každodenní
práci či po přechodu na jiné systémy. Údaje o pacientech musí
zůstat stoprocentně utajeny před nežádoucím zrakem.
V neposlední řadě musí být ověřitelné, že soubory dat nebyly
nepřípustným způsobem manipulovány /*5*/, neboť pouze v tomto případě
může být elektronický záznam plnohodnotným následovníkem /*6*/
papírové kartotéky.
* <item>Everyday work needs easy and fast handling which enables the
physician to be as fast as possible and to focus on the
patient rather than on the computer.
<item>Každodenní práce vyžaduje jednoduché a rychlé zacházení,
umožňující lékaři se co nejrychleji zaměřit na pacienta,
ne na počítač.
</itemize>
*<tag/Outpatient Care/
<tag/Stacionární péče/
<itemize>
* <item>In terms of security and trustworthiness, the same issus as in
a general practice also apply to clinical administration.
However, the main focus here is secure communication between
different parts of the clinic while managing a greater amount
of patients.
<item>Ohledně bezpečnosti a spolehlivosti lze tutéž záležitost,
zmíněnou u všeobecné lékařské praxe, uplatnit i u správy kliniky.
Avšak hlavním hlavním záměrem je zde bezpečná komunikace
mezi různými částmi kliniky při obhospodaření většího množství
pacientů.
* <item>A very important feature is support for standardised
medical record exchange.
<item>Velmi důležitou vlastností je podpora výměny standrdizovaných
lékařských záznamů.
</itemize>
*<tag/Medical science/
There are a lot of applications which might be useful for medical
science. Examples where some Free Software is available or in
progress of development are:
<tag/Lékařská věda/
Mnoho aplikací může být užitečných pro lékařskou vědu. Zde je několik
příkladů svobodného software, který je již k disposici anebo se
teprve nachází ve stadiu vývoje:
<itemize>
* <item>Open platforms for telepathology
<item>Otevřené platformy pro telepatologii
* <item>Open environments for medical studies
<item>Otevřené pltformy pro zdravotní studie
</itemize>
*<tag/Microbiology/
<tag/Mikrobiologie/
<itemize>
* <item>There are a lot of Free Software tools for the analysis of
protein and DNA sequences available. Many of then are yet
integrated into Debian and more and more will be added to the
list of Debian packages. Unfortunately many of them are not
really easy to use and have only command line
interface. Though integrated user interfaces for those tools
are in development.
<item>Je dostupné množství svobodných softwareových nástrojů pro
analýzu sekvencí proteinů a DNA. Mnoho z nich je již integrovaných
do Debianu a na seznamu Debianích balíků přibývá stále
více dalších. Žel uživatelským rozhraním mnoha z nich je
pouze režim příkazové řádky, což mnohým uživatelům
znesnadňuje jejich používání.
* <item>Portable data formats for easy exchange between the tools
would be helpful to enable easy data exchange between these programs.
<item>Byly by užitečné přenositelné formáty dat, umožňující snadnou výměnu
dat mezi těmito programovými nástroji.
</itemize>
</descrip>
</p>
</sect>
<sect>
* <heading>Profile of target users</heading>
<heading>Profil koncového uživatele /*7*/
*<p>
Typical target users of Debian-Med have very limited knowledge about
the internals of computers. They are experts in medicine or
microbiology and they need reliable tools.
</p>
<p>
Typický koncový uživatel Debian-Med má velmi omezené technické znalosti
o vnitřním zařízení počítačů. Jsou to odborníci v medicíně nebo
mikrobiologii a potřebují spolehlivé nástroje.
</p>
*<p>
The effort to download Free Software from the net, perhaps compile the
source after reading installation manuals and install the compiled
software on their local system is simply not acceptable because they
have no qualification for this job. They just need a ready-to-run
system to do their real work.
</p>
<p>
Námaha spojená se stažením svobodného software ze sítě, případně jeho
kompilace po nastudování instalačních manuálů a instalace zkompilovaného
software na jeho lokálním systému je jednoduše nepřijatelná neboť
pro takovou práci není kvalifikován. Potřebuje hotový systém, použitelný
pro vlastní práci.
</p>
*<p>
The target user also does not want to do any administration work such
as caring for special needs for special user groups or keeping the
system up to date.
</p>
<p>
Koncový uživatel se nemíní zatěžovat nějakou administrativní prací,
jako např. starat se o speciální potřeby zájmových uživatelských skupin
anebo udržovat systém v aktualizovaném stavu.
</p>
*<p>
Moreover there is only an interest in a limited subset of available
Free Software. For instance they are normally not interested in
development environments. However, if some services (i.e. web server)
are needed for end user tools they have to work silently without
intervention of the user.
</p>
<p>
Nadto se zajímá pouze o omezený výběr z dostupného svobodného software.
Např. se běžně nezajímá o různá vývojová prostředí. Nicméně některé
služby (např. webový server) jsou pro nástroje koncových uživatelů nutné;
vykonávají svoji práci tiše bez intervence uživatele.
</p>
*<p>
There is a big need for easy-to-use software. Time is money and
sometimes important to save lives in this field. So trouble caused by
strange usage is unacceptable. (Bad interfaces can also endanger
patients in other ways, as with <htmlurl
url="http://www.uoguelph.ca/~meby/" name="Therac-25">.)
</p>
<p>
Potřeba snadno použitelného software je značná. Čas jsou peníze
a v oblasti medicíny /*8*/ je to věc někdy dokonce rozhodující o záchraně
lidského života. Proto není přijatelné ani zdržení /*9*/ způsobené špatnou
obsluhou. (Nevhodné uživatelské rozhraní může ohrozit pacienty
i jinými způsoby, viz např. <htmlurl
url="http://www.uoguelph.ca/~meby/" name="Therac-25">.)
</p>
*<p>
Security and confidence of data are an absolute must in health
care. Neither loss of data nor third party eyes on the data are
acceptable. This remains valid also for the process of future updates
of the software.
</p>
<p>
Bezpečnost a důvěrnost dat jsou absolutním požadavkem ve zdravotní péči.
Je nepřijatelná ztráta dat jakož i možnost prohlížení dat nezvanou osobou.
To zůstává v platnosti i v procesu další aktualizace software.
</p>
*<p>
Non-native English speakers normally do not speak English fluently and
thus they need documentation and user environment in their native
tongues. This is important to spread free medical software all over the
world.
</p>
<p>
Kdo není rodilým mluvčím, nemluví obvykle plynně anglicky a proto potřebuje
dokumentaci a uživatelské prostředí ve svém vlastním jazyce. To je důležité
při šíření svobodného medicinského software po celém světě.
</p>
</sect>
<sect>
* <heading>Status of Free Software for medicine</heading>
<heading>Status svobodného software v medicíně</heading>
*<p>
Because microbiology plays in many fields of medicine an important
role, Debian-Med also supports this group of programs.
Especially in this field, many programs lack any graphical
user interface. That's why many microbiologists fear to use these programs, even
though they often are of good quality. Currently there are projects to collect
those command-line tools under one common GUI.
*The practice management software which is currently under development
normally has graphical interfaces but often they are missing ergonomic
features like intuitive mouseless usage.
</p>
<p>
Mikrobiologie hraje důležitou roli v mnoha medicínských oborech
a proto Debian-Med podporuje rovněž tuto skupinu programů.
Právě v tomto oboru však mnoho programů postrádá grafické rozhraní.
To je důvodem, proč se mnoho mikrobiologů obává tyto programy používat,
i když jsou často kvalitní. V současné době běží projekty,
shromažďující tyto řádkově orientované nástroje pod společné
grafické rozhraní.
</p>
*<p>
Several existing programs which might be useful for medical tasks are
not really free in the sense of the <htmlurl
url="http://www.debian.org/social_contract#guidelines" name="Debian
Free Software Guidelines (DFSG)">. Programs which are incompatible
with the DFSG cannot be included in Debian. This is possibly a
drawback for those programs because they could profit by spreading
widely on the back of Debian over the whole world.
</p>
<p>
Několik programů, které by mohly být pro lékařské úlohy užitečné,
není ve skutečnosti svobodných ve smyslu <htmlurl
url="http://www.debian.org/social_contract#guidelines" name="Debian
Free Software Guidelines (DFSG)">. Programy, které nejsou slučitelné
s DFSG, nemůžou být do Debianu zahrnuty. Je to zřejmě nedostatek
těchto programů, že nemohou profitovat z toho, že by je Debian
na svých zádech roznesl do celého světa.
</p>
*<p>
Often microbiological programs are developed at universities by
students or graduates. Once these people leave the university the programs
they developed might be orphaned; <em>i.e.</em>, not actively maintained
anymore. If their licenses are too restrictive, it may be impossible
for anyone else to take over; sticking to
<htmlurl url="http://www.debian.org/social_contract#guidelines"
name="DFSG">-free licenses avoids that problem.
</p>
<p>
Vývoj mikrobiologických programů zhusta probíhá na univerzitách,
kde se na něm podílejí studenti i absolventi. Avšak když tito lidé
z university odejdou, jejich další vývoj může osiřet; <em>t.j.</em>,
zůstat v neudržovaném stavu. Jestliže je licence takového programu
příliš restriktivní, může být pro jakéhokoliv jiného člověka nemožné
jeho vývoj převzít a dále jej udržovat. Pokud se ale autor při tvorbě
programu přidrží svobodné licence
<htmlurl url="http://www.debian.org/social_contract#guidelines"
name="DFSG">, může takovým problémům předejít.
</p>
*<p>
In medical care, often non-Intel-based architectures are used. Debian
currently runs on 11 different architectures and automatic build servers
normally compile software packages as necessary. If autobuilders for other
architectures show problems, Debian maintainers will normally fix them
and send the original authors a patch. Moreover, users can report
run-time problems via the
<htmlurl url="http://www.debian.org/Bugs/" name="Debian Bug Tracking System">.
</p>
<p>
V oblasti lékařské péče se často setkáváme s počítačovými architekturami,
které nejsou založeny na architektuře Intel. Debian v současnosti
běží na jedenácti různých architekturách a sestavovací servery běžně
automaticky kompilují programové balíky podle potřeby. Pokud během
automatického sestavování balíku pro jinou architekturu vznikne
nějaký problém, debianovský maintainer /*10*/ jej normálně opraví
a pošle jeho autorům záplatu. Mimoto mohou uživatelé poslat zprávu
a problémech, vzniklých za běhu programu, pomocí formuláře na
<htmlurl url="http://www.debian.org/Bugs/" name="Debian Bug Tracking System">.
</p>
*<p>
Many programs which are written from scratch use their own
non-standard file formats. However, it is often important for
programs to be able to share data with each other, both for reliable
exchange of patient data but also for microbiological and clinical
research.
</p>
<p>
Mnoho programů, napsaných z první vody na čisto, používá své vlastní
nestandardní formáty souborů. Nicméně často je pro programy důležitá
schopnost sdílet data mezi sebou navzájem, ať již z důvodu spolehlivé
výměny pacientských dat anebo pro potřeby mikrobiologického
a klinického výzkumu.
</p>
*<p>
Often there are several programs which try to solve identical or similar
problems. Later in this paper we illustrate this in detail for the problem
of medical practice management. Normally all these programs show very
interesting approaches but all of them have certain drawbacks. So
joining programmers' forces might make sense here.
</p>
<p>
Časté jsou programy, které se pokouší řešit identické nebo podobné
problémy. Níže to budeme podrobně ilustrovat na problému správy ordinace /*11*/.
Všechny takové programy běžně vykazují velmi zajímavé koncepce,
avšak všechny také mají určité nedostatky. Zde pak má smysl spojit
síly programátorů ke společnému cíli.
</p>
*<p>
Sometimes the tools or backends used in free medical software are not
appropriate for such applications. For instance sometimes
database servers which do not use transactions are used to store
patent data which is completely inacceptable. Other programs use web
clients as frontend which is not really good for quick (mouseless)
usage.
</p>
<p>
Stává se občas, že nástroje či algoritmy ("backendy") /*12*/, užité svobodným
lékařským softwarem, nejsou pro takové nasazení právě nejvhodnější.
Naprosto neakceptovatelné je například použít k uchování pacientských
dat takové databázové servery, které neužívají mechanismu transakcí.
Jiné programy používají jako uživatelských rozhraní ("frontend") /*13*/
webových klientů, což ve skutečnosti není dobré pro rychlost používání
(bez myši). <em>/*Vhodně navržený webový formulář, dobře akceptovatelný
takovými textovými prohlížeči, jakými jsou lynx nebo links, by mohl
takový problém - alespoň částečně - řešit. Pozn. překl.*/</em>
</p>
*<p>
One important problem is that complex software packages are hard for
the target users to install. But this problem can be easily solved by
shipping the software as binary package - exactly what inclusion in
Debian means.
</p>
<p>
Jiným důležitým problémem je, že pro koncové uživatele bývá těžké
instalovat si složité programové balíky. Tento problém lze jednoduše
řešit expedicí software ve tvaru binárního balíku - a to je přesně to,
co právě integrace takového balíku do debianí distribuce znamená.
</p>
</sect>
<sect>
* <heading>Examples of practice management systems</heading>
<heading>Příklady systémů pro správu ordinace</heading>
<sect1>
<heading>GnuMed</heading>
*<p>
<figure>
<eps file="gnumed.eps">
<img src="../img/gnumed.png">
<caption>GnuMed</caption>
</figure>
*The intention of <htmlurl url="http://www.gnumed.org/" name="GnuMed"> is
to become a comprehensive and robust Open Source software package for
paperless medical practice. It has a professional client-server
design. It consists of a lot of modules, which makes it very
flexible and adaptable to several fields of use. This flexibility
also lets doctors in several countries with different health care
systems use it.
</p>
<p>
Cílem <htmlurl url="http://www.gnumed.org/" name="GnuMed"> je stát se
uceleným a robustním balíkem Open Source /*14*/ software pro bezpapírovou
lékařskou ordinaci. Je postaven na profesionálně postavené koncepci
klient-server /*15*/. Je tvořen množstvím modulů, které jej činí
velmi přizpůsobivým k různým oblastem nasazení. Tato flexibilita jej
umožňuje používat lékaři různých zemí, v nichž jsou zavedeny
rozličné systémy lékařské péče.
</p>
*<p>
GnuMed uses <htmlurl url="http://www.postgresql.org"
name="PostgreSQL"> as a database backend server. PostgreSQL is known
to be a rock-solid professional database server and thus it is the
right tool for this kind of application. Currently the user frontend
is written in Python but in principle it might be possible to use web
frontends.
</p>
<p>
Jakožto databázového serveru vyžívá GnuMed služeb
<htmlurl url="http://www.postgresql.org" name="PostgreSQL">,
který je známým skálopevně robustním databázovým serverem
a tudíž je tím správným nástrojem pro takovýto druh aplikací.
V současné době je uživatelské rozhraní napsáno v Pythonu,
ale v principu je možné užít i rozhraní webového serveru.
</p>
*<p>
The security of the data has highest priority. Moreover, the GNotary
service lets doctors demonstrate the integrity of their data.
</p>
<p>
Bezpečnost dat má nejvyšší prioritu. Navíc, služba GNotary
umožňuje lékařům prokázat integritu jejich dat.
</p>
*<p>
Unfortunately, GnuMed is not yet ready for use in practice. There is heavy
development which is really promising to get the first beta version
for testing. There are also already unofficial Debian packages of GnuMed.
</p>
<p>
Žel, GnuMed v tuto chvíli ještě není připraven pro použití v lékařské praxi.
Jeho silný vývoj reálně slibuje první beta-versi pro testování.
K disposici jsou již rovněž neoficiální balíky GnuMed.
</p>
</sect1>
<sect1>
* <heading>Torch (formerly known as FreePM)</heading>
<heading>Torch (dříve znám jako FreePM)</heading>
*<p>
<figure>
<eps file="torch.eps">
<img src="../img/torch.png">
<caption>Torch</caption>
</figure>
* <htmlurl url="http://www.openparadigms.com/" name="Torch"> (formerly
known as FreePM) is a template-driven system that uses flexible
open-source software to provide physicians with an easy to use, easy
to modify medical record management solution. The system consists of
a series of templates that create the component parts of a patient's
medical records. Practitioners can tailor these templates to
best suit their individual operating environments.
<htmlurl url="http://www.openparadigms.com/" name="Torch"> (dříve
známý jakožto FreePM) je systém řízený formuláři.
Prostřednictvím flexibilního open-source software, který používá,
nabízí lékařům jednoduše použitelné a jednoduše modifikovatelné
řešení správy lékařských záznamů. Systém sestává z řady formulářů,
vytvářejících součásti lékařského záznamu o pacientovi. Praktický
lékař si může přizpůsobit tyto formuláře tak, aby co nejlépe padly
k jeho individuálnímu pracovnímu prostředí.
* Torch provides a web services platform that is professionally
supported so that the entire system is not maintained by only one
company even though it is a complete open source stack.
Torch poskytuje prostřednictvím webových služeb profesionálně podporovanou
platformu, takže celý systém je obhospodařovanán více než jednou
firmou, i když se jedná o kompletně open-source záležitost.
* Torch is an Open Source physician's office management and electronic
medical record application. This is a <htmlurl
url="http://www.zope.org" name="Zope"> based project. Zope has its
own transactional object oriented database. The authors prefer
objectoriented database over a relational database. Torch is the only
project we know which does not use an SQL based relational database.
Torch je open-sourceovou aplikací pro správu ordinace a elektronických
lékařských záznamů. Je to projekt založený na webovém aplikačním serveru
<htmlurl url="http://www.zope.org" name="Zope">.
Zope má svou vlastní transakční objektově orientovanou databázi.
Autoři dávají přednost objektově orientované databázi před
relační databází. Torch je jediným projektem, který známe,
který nepoužívá žádnou relační databázi založenou na SQL.
* Torch has only web clients which conflicts with quick mouseless
usage.
Torch má pouze webové klienty, což odporuje rychlému používání bez myši.
</p>
*<p>
However, Torch already has reference implementations and is in production
use. The authors would like the integration of Torch into Debian-Med.
</p>
<p>
Nicméně, Torch se již může prokázat referencemi svého nasazení
a je produktivně využíván. Jeho autoři vítají integraci Torchu
do Debian-Med.
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>Res Medicinae</heading>
*<p>
<figure>
<eps file="resmed.eps">
<img src="../img/resmed.png">
<caption>Res Medicinae</caption>
</figure>
* <htmlurl url="http://resmedicinae.sourceforge.net/" name="Res
Medicinae"> is to become a comprising software solution for use in
Medicine which combines intuitive ease of use with the advantages of
the <htmlurl url="http://www.cybop.net" name="CYBOP Framework">. It
uses latest technology adhering to common standards for medical
software and will such be open to many other medical systems. It is
another promising project to build a complex practice management
system. It has a modular object oriented design and just shows some
interesting features.
</p>
<p>
<htmlurl url="http://resmedicinae.sourceforge.net/" name="Res
Medicinae"> se stává rozsáhlým softwareovým řešením pro použití
ve zdravotnictví. Kombinuje intuitivní snadnost použití s přednostmi,
které má <htmlurl url="http://www.cybop.net" name="CYBOP Framework">.
Užívá nejnovější technologie, které se drží obecných standardů
zdravotnického software a stává se tak otevřeným pro mnoho dalších
zdravotnických systémů. Je to další slibný projekt k výstavbě
systému komplexní správy ordinace. Jeho návrh je modulárně objektový
a již nám představuje pár zajímavých vlastností.
</p>
*<p>
Res Medicinae is the attempt to overcome high pricing in the realm of
Medical Information Systems and to provide users with a free, stable,
secure, platform-independent, extensive system.
</p>
<p>
Res Medicinae je pokusem překonat vysoké ceny v říši
medicínských informčních systémů a poskytnout svobodný, stabilní,
bezpečný, na platformě nezávislý a rozsáhlý systém svým uživatelům.
</p>
*<p>
Res Medicinae is and will be free in every meaning. Its contributors
enjoy working together communicating over mailing lists and are
encouraged by the idea of sharing their knowledge with those people
living on "the poorer side of" the world.
</p>
<p>
Res Medicinae je a zůstane svobodným v každém slova smyslu.
Jeho přispěvatele baví spolupracovat, komunikovat spolu prostřednictvím
e-mailových konferencí a jsou nadšeni myšlenkou sdílet své znalosti
s lidmi žijícími na "chudší straně" světa.
</p>
*<p>
Regarding its distribution by Debian, it might cause some trouble
that it is written in Java because often Java applications relay on
features of non-free implementations of the Java virtual machine; in
particular, Res Medicinae seems to use the non-free Swing toolkit.
</p>
<p>
Co se týče distribuce Res Medicinae prostřednictvím Debianu,
určité potíže by mohl působit fakt, že je to napsáno v Javě,
protože javovské aplikace často spoléhají na vlastnosti
non-free /*16*/ implementací javovských virtuálních strojů;
v našem případě to vypadá, že Res Medicinae využívá non-free
Swing toolkit /*17*/.
</p>
*<p>
While this project is promising, it is also far from ready.
</p>
<p>
I když se jedná o slibný projekt, má ještě daleko k praktickému
nasazení.
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>Tk Family Practice</heading>
*<p>
<figure>
<eps file="tkfp.eps">
<img src="../img/tkfp.png">
<caption>Tk Family Practice</caption>
</figure>
* <htmlurl url="http://www.psnw.com/~alcald/#informatics" name="Tk Family
Practice"> is a clinical medical information system suitable for a
family physician's office for storing clinical information on patients
rather than just billing information. It uses Tcl/Tk as the
programming environment. This choice might make it
portable but probably hard to use in larger projects where a lot of
programmers would be involved.
</p>
<p>
<htmlurl url="http://www.psnw.com/~alcald/#informatics"
name="Tk Family Practice"> je klinický zdravotnický informační systém
vhodný pro ordinaci rodinného lékaře k ukládání klinických informací
o pacientech, nejen informací o platbách. Jako programového prostředí
využívá Tcl/Tk. Tato volba jej činí přenositelným, avšak pravděpodobně
těžko použitelným v rozsáhlejších projektech, kterých by se mělo účastnit
mnoho programátorů.
</p>
*<p>
It originally only used a self-made database back end. A complete but
obsolete <htmlurl url="http://www.postgresql.org" name="PostgreSQL"> server
was just included as source and binary. This is quite questionalble
regarding updates, maintainance and security. It seems to support a
Web front-end in addition to the local Tk interface.
</p>
<p>
Jako databázový stroj původně užíval vlastoručně vyrobenou XML databázi.
Mezitím byl dodatečně začleněn kompletní, leč zastaralý /*18*/
<htmlurl url="http://www.postgresql.org" name="PostgreSQL"> server
(ve své zdrojové i binární formě). Takové rozhodnutí pak budí otázky
ohledně aktualizace, údržby a bezpečnosti. Zdá se, že kromě lokálního
Tk rozhraní je podporováno i webové uživatelské rozhraní.
</p>
<p>
* A problem of this system is that it is quite hard to use because its
user interface is quite confusing. Moreover there are some hurdles
before the program can be downloaded: The <htmlurl
url="http://www.psnw.com/~alcald/#informatics" name="offizielle
Website"> contains a lot of completely irrelevant private
information. There is no license statement available at this page and
you have to fill in a web form to obtain a link to the SourceForge
download site. The archive has a size of 75MByte and contains
sources and precompiled binaries of more than ten other free Software
projects. In short regarding to security, maintenance and handling of
upgrades this project is not acceptable.
Problémem tohoto systému je celkem náročná obsluha, neboť
jeho uživatelské rozhraní je lehce matoucí. Navíc zde máme
určité těžkosti ještě předtím, než může být program stažen:
Webová stránka
"<htmlurl
url="http://www.psnw.com/~alcald/#informatics"
name="Offizielle Website">" obsahuje množství naprosto odtažitých
soukromých informací. Na stránce není uvedeno žádné licenční ujednání
a jste nuceni vyplnit webový formulář, abyste obdrželi odkaz
na stahovací stránku SourceForge. Archiv má 75 MByte a obsahuje
zdroje a předkompilované binárky více než jen jiných
freesoftwareových projektů. Krátce řečeno, s ohledem na bezpečnost,
údržbu a provádění aktualizací je tento projekt nepřijtelný.
* If the author will not provide a clean, easy to access upstream
source chances are very bad that this program can be distributed by
Debian.
Jestliže jeho autor nezajistí jasný a jednoduchý přístup
k upstreamovým zdrojům, je velmi malá šance, že by tento program
mohl být distribuován v Debianu.
* On the other hand it is already in production for instance in the
practice of its author.
Na druhé straně je tento program již v produktivní fázi,
například v autorově ordinaci.
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>OIO — Open Infrastructure for Outcomes</heading>
*<p>
<figure>
<eps file="oio.eps">
<img src="../img/oio.png">
<caption>Open Infrastructure for Outcomes</caption>
</figure>
* <htmlurl url="http://www.txoutcome.org/" name="OIO"> is a shared
and free infrastructure that supports the pooling of expertise,
assessment instruments, data management, training, quality assurance,
and reporting tools as a way to reduce the cost of conducting outcome
assessments.
</p>
<p>
<htmlurl url="http://www.txoutcome.org/" name="OIO"> je sdílená
a svobodná infrastruktura, která podporuje shromažďování odborných
znalostí, nástroje pro hodnocení, výcvik, zajištění kvality
a nástroje pro hlášky jako způsob snížení nákladů při provádění
výsledných hodnocení.
</p>
*<p>
An alternate method to manage patient and research data was
implemented. Besides predefined forms each user is able to define
new ones and can specify, how these can be linked to the existing ones.
</p>
<p>
Byla zde implementována alternativní metoda obhospodařování pacientských
a výzkumných dat. Kromě předdefinovaných formulářů je každému uživateli
umožněno definovat si svoje vlastní a specifikovat, jakým způsobem
můžou být navázány na ty již existující.
</p>
*<p>
It uses <htmlurl url="http://www.postgresql.org" name="PostgreSQL"> as
a database backend which seems to be an appropriate choice for
this purpose. The database backend is accessed by the <htmlurl
url="http://www.zope.org" name="Zope"> web application server which
builds a web interface. This has its uses, but a quick access via
keyboard would also be a nice feature for each type of practice
management systems.
</p>
<p>
Jako databázový backend využívá
<htmlurl url="http://www.postgresql.org" name="PostgreSQL">,
což se jeví jako odpovídající volba pro daný záměr.
K databázový backendu je možno přistupovat prostřednictvím
aplikačního serveru
<htmlurl url="http://www.zope.org" name="Zope">, který vytváří
webové rozhraní. Je to svým způsobem užitečné, nicméně rychlý
přístup pomocí klávesnice by byl rovněž příjemnou vlastností
u každého typu správy ordinace.
</p>
</sect1>
<sect1>
*<heading>More medical practice management systems</heading>
<heading>Další systémy pro správu ordinace</heading>
<p>
<descrip>
<tag/<htmlurl url="http://freemedsoftware.com/" name="FreeMed">/
* FreeMed is a practice management system written in PHP with a
<htmlurl url="http://www.mysql.com/" name="MySQL"> database backend.
MySQL is not appropriate here because it lacks transactions —
at least in the version which was used as long as the FreeMed
project was alive. The development of FreeMed was stalled for a
long time but has been awaken recently.
FreeMed je systém správy ordinace napsaný v PHP, používající
databázový backend
<htmlurl url="http://www.mysql.com/" name="MySQL">.
MySQL zde není moc vhodný, neboť mu chybí transakce —
alespoň v té versi, která byla použita po tu dobu, co
projekt FreeMed žije. Vývoj FreeMedu se na dlouhou dobu zastavil,
ale nedávno byl opět probuzen k životu.
* There is only a web frontend with the drawbacks discussed above. On
the other hand it is quite a nifty web frontend which might be
interesting as an additional interface to other solid database
backends for instance to the GnuMed database which provides an
interface which is flexible enough for this purpose.
Jako frontend je zde k disposici pouze webové rozhraní se
všemi nedostatky tak, jak bylo zmíněno již výše.
Na druhé straně je to ale celkem šikovný frontend, který by
mohl být zajímavý jako přídatné rozhraní k jiným solidním
databázovým backendům, např. k databázi GnuMed, která poskytuje
rozhraní, které je pro tento účel dostatečně flexibilní.
<tag/<htmlurl url="http://www.sqlclinic.net" name="SQL Clinic">/
* This is a complete clinical and administrative application for
providers of psychiatric housing, although the software is designed
to accommodate an entire Community Mental Health Care Center (CMHC)
or private practitioners (both clinical social workers and
psychiatrists) working in behavioral health. Technical support is
free via mailing lists. Support contracts are available from Saint
Vincent Catholic Medical Centers of New York.
Jedná se o kompletní klinickou a administrační aplikaci pro
provozovatele psychiatrických léčeben, i když je toto programové
vybavení určené k tomu, aby vyšlo vstříc celému ústředí CMHC
(Community Mental Health Care Center) anebo provozovatelům soukromé
praxe (ať již klinickým sociálním pracovníkům či psychiatrům),
pracujícím v oblasti behavioralního zdravotnictví.
Technická podpora je volná prostřednictvím e-mailových diskusních
skupin. Podpůrné smlouvy jsou k disposici u katolických zdravotních
center sv. Vincenta v New Yorku.
* It uses a <htmlurl url="http://www.postgresql.org"
name="PostgreSQL"> database backend, and builds a Web interface in
Perl. It is used in production for this special purpose but ist has
to be checked how it can be adapted to a more common purpose.
Jako databázový backend je zde použit <htmlurl
url="http://www.postgresql.org" name="PostgreSQL">
a webové rozhraní je vytvořeno v Perlu. V uvedené specifické
oblasti (tj. psychiatrie atp.) je tento systém již reálně nasazen
a nyní je nutno ještě ověřit, jak je možné jej adaptovat
pro obecnější případ.
*<tag/... and others .../
<tag/... a další .../
* There might be a handful of further programs trying to cover the
same purpose.
Mohli bychom uvést ještě hrstku dalších programů, které
se pokouší pokrýt tu samou oblast.
</descrip>
</p>
</sect1>
<sect1>
* <heading>Why does the world need this whole lot of free programs to manage patient data?</heading>
<heading>Na co je nám tolik svobodných programů pro správu pacientských dat?</heading>
<p>
*It might seem strange that there exist so many programs to manage
patient data with more or less the same goals. While it might make
sense to differentiate between a single practice of a general
practician and managing a hospital, it really does not make sense to
write several pieces of Free Software covering exactly the same
purpose.
Vypadá to hrozně, že tu máme tolik programů pro správu pacientských dat
s více či méně shodnými cíli. I když by mohlo mít smysl
rozlišovat mezi samostatnou ordinací všeobecného lékaře
a správou celé nemocnice, ve skutečnosti nemá smysl
psát rozličné kusy svobodného software k pokrytí přesně toho
samého účelu.
</p>
<p>
*However, there are reasons for this variety:
Avšak tato různorodost má své důvody:
</p>
<p>
*First, there are simple historical reasons. Somebody was faced with
the situation that his (or her) proprietary system did not fit his
expectations and started a project, using whatever tools his skills
and knowledge permitted. Unfortunately, there was little
communication between different developers.
Za prvé jsou to jednosuše důvody historické. Kdosi musel čelit
situaci, že jeho (či její) proprietární systém nevyhovuje jeho
očekáváním a tak nastartoval projekt, přičemž k tomu použil takové
nástroje, jaké mu jeho dovednosti a znalosti dovolily.
Naneštěstí se různí vývojáři jen velmi málo mezi sebou domlouvali.
</p>
<p>
*Moreover the starting phase of each project was normally more or less
silent and the projects were relatively obscure. So people with the same
goal were not aware of each other.
Navíc probíhala počáteční fáze víceméně v tichosti a projekty byly
relativně obskurní. Tím pádem o sobě lidé s podobnými úmysly nevěděli.
</p>
<p>
*As a consequence of the different technological decisions and
different designs, it is not really easy to join different projects in
their current state.
V důsledku takových rozdílných technických rozhodnutí a rozdílných
návrhů není skutečně snadné spolu tak rozdílné projekty spolu
propojit v jejich současném stavu.
</p>
</sect1>
</sect>
*--------------------------------------------------------------
<sect>
<heading>What is Debian-Med?</heading>
<sect1>
<heading>What is Debian?</heading>
<p>
<itemize>
<item>Linux is just the kernel of your operating system.
<item>You need a lot of applications around.
<item>Those collections of software around the Linux kernel are called distribution.
<item>Companies that build such distributions are called distributors.
<item>They make money by selling their distribution in boxes, doing support and training.
<item>You might know Mandrake, RedHat, Suse and others.
<item><htmlurl url="http://www.debian.org" name="Debian"> is just one of them.
</itemize>
Well, at least this is what people who do not know Debian right might
think about it. But in fact Debian is a different kind of
distribution ...
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>What is Debian? (next try)</heading>
<p>
The <htmlurl url="http://www.debian.org" name="Debian Project"> is an
association of individuals who have made common cause to create a free
operating system. This operating system that we have created is called
<htmlurl url="http://www.debian.org" name="Debian GNU/Linux">, or
simply Debian for short.
</p>
<p>
Moreover, work is in progress to provide Debian for other kernels,
including in particular the <htmlurl
url="http://www.debian.org/ports/hurd/" name="Hurd">, <htmlurl
url="http://www.debian.org/ports/netbsd/" name="NetBSD"> and <htmlurl
url="http://www.debian.org/ports/freebsd/" name="FreeBSD">. There have even been
<htmlurl url="http://lists.debian.org/debian-win32/" name="discussions of
a possible port to Windows">.
</p>
<p>
These individuals, called Debian developers, are connected via the web
of trust built by cross-signing GPG keys.
<figure>
<eps file="earthkeyring800.eps">
<img src="../img/earthkeyring800.png">
<caption>Web of trust</caption>
</figure>
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>Differences from other distributions</heading>
<p>
<itemize>
<item>Debian is not a company but an organisation.
<item>It does not sell anything.
<item>Debian members (maintainers) are volunteers.
<item>Maintainers are working on the common goal: building the best operating system they could afford
<item>Largest collection of ready-to-install Free Software on the Internet
<item>Two ways to obtain Debian GNU/Linux
<enum>
<item>Buying it from some <it/other/ distributor on CD
<item>Downloading from the Web for free
</enum>
<item>The latter is the common way and there are really great tools to do it
this way.
</itemize>
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>Debian-Med?</heading>
<p>
Debian-Med is a so-called <htmlurl
url="http://people.debian.org/~tille/debian-med/talks/200303_chem_int/"
name="Debian internal project">. These internal projects try to cover
the needs of special groups of users. For the Debian-Med project
these users are medical care professionals.
</p>
<p>
It is important to understand that Debian-Med is completely integrated
into Debian. It is not a separate distribution. If you get the Debian
GNU/Linux distribution you have all of Debian-Med.
</p>
<p>
Debian-Med takes care of program packages
in the field of medicine which are already integrated in Debian. This
means to check whether they integrate perfectly into the menu system and
for availability of essential documentation and perhaps of
translations of very important parts.
</p>
<p>
Debian-Med also builds packages of medical software which is missing
inside Debian and integrates of those packages to work well with all
other software in Debian.
</p>
<p>
Medical users have to concentrate on their work. The computer should
help them do this work without attracting attention. That's why menus
flooded with stuff they do not use, configuration stuff which the
distributor could do, etc. should not bother them in everyday
life. In this sense Debian-Med wants to maintain a general
infrastructure for medical users.
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>History of Debian-Med</heading>
<p>
The <htmlurl url="http://lsm.abul.org/" name="Libre Software Meeting in
Bordeaux"> is a great event where Free Software developers from all
over the world can meet. There were several tracks of certain
end-user-related topics. In 2001, developers in the <htmlurl
url="http://lsm.abul.org/program/topic15/topic15.php3" name="track of Free
Software in Medicine"> observed that free medical software
is really hard to install for the target user.
</p>
<p>
Some people just started to translate installation instructions to
solve this problem. But this is no real solution because keeping the
translations up-to-date in several languages seems impossible.
</p>
<p>
At the social meeting in the evening the Debian developers who
attended the conference had some Bordeaux wine at first ...
<figure>
<eps file="history1.eps">
<img src="../img/history1.jpg">
<caption>Debian developers with Bordeaux wine</caption>
</figure>
Suddenly somebody said the alarming words:
</p>
<p>
<bf/There is a laptop open!/
</p>
<p>
Thus the discussion about the problem of medical software started and
a talk was prepared how this kind of problem could be solved easily
with Debian.
<figure>
<eps file="history2.eps">
<img src="../img/history2.jpg">
<caption>Preparing a talk</caption>
</figure>
That way the idea of Debian-Med was born.
</p>
<p>
The official start of the Debian-Med project was in January 2002.
</p>
</sect1>
</sect>
<sect>
<heading>Goals in detail</heading>
<sect1>
<heading>Integration</heading>
<p>
This paper started pit by showing several examples of programs
which more or less cover the same purpose. A further example are two
systems to manage a dental practice:
<descrip>
<tag/<htmlurl
url="http://packages.debian.org/unstable/web/odontolinux.html"
name="OdontoLinux">/ is a dental office management software written
in PHP4. It uses <htmlurl url="http://www.postgresql.org"
name="PostgreSQL"> as a database backend. Here we must face the
same drawback of all web-based management systems: A web client does
not fit the requirement of quick and easy handling. However, it
might be a valuable add-on to a native client with an appropriate
GUI. Anyway, because one of the program's developers is a Debian
developer, he packaged the system for Debian.
<tag/<htmlurl url="http://linudent.sourceforge.net/" name="LinuDent">/
is another dental practice management software project. It is
written in Tcl/Tk and shares code with Tk Family Practice (mentioned
above). While Free Software often allows developers to share code,
seems that in this particular case it is quite hard. The reason is that
the design of Tk Family Practice is not intended to be as flexible
and modular as it should be for this purpose. Moreover the
development of LinuDent seems to be stalled.
</descrip>
One goal of Debian-Med was to contact the authors and ask them to
work together if possible to join their projects to build a system which
fits all needs better than two competing systems.
This does not mean that competition would not work in Open Source
development. Desktop projects like Gnome and KDE are profiting from
it by learning from each other. The difference between special
solutions like practice management and big desktop projects is the
difference in the number of developers and users in an order of
magnitude which puts development on different quality level. Thus the
rules are changed here for special solutions.
Keeping this in mind even adding special stuff to maintain a dental
practice to the GnuMed project might be the best idea, because GnuMed
is very flexible and modular and thus easy to enhance.
</p>
<p>
An early success for Debian-Med is that the authors of these programs are
in contact now.
</p>
<p>
We have to make it absolutely clear that we do not want to suppress
diversity. However, the forces of Debian-Med developers are limited,
so we have to concentrate on the most promising DFSG-compatible
projects. In general,
we try to convince upstream developers to cooperate and to focus
on benefitting all interested parties. We also provide some support
to people who want to build unofficial Debian packages of medical
software no Debian developer has time to package. How this can be
done is explained at the <htmlurl
url="http://www.debian.org/devel/join/newmaint" name="Debian
web site"> under the term "Sponsor".
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>Apply Debian standards of quality</heading>
<p>
There are a lot of programs in the field of molecular biology already
packaged for Debian. For instance, these programs let users
analyze DNA and protein sequences, reconstruct
phylogenetic trees, etc. The <htmlurl
url="http://packages.debian.org/med-bio" name="med-bio"> and the
<htmlurl url="http://packages.debian.org/med-bio-contrib"
name="med-bio-contrib"> metapackages depend on most of the relevant Debian
packages.
</p>
<p>
Looking in detail at the packaged programs shows the problem that
these programs are in different states of development. In some cases
development is obviously completely stalled, some have bad
code which make them hard to compile on different
architectures and others lack easy-to-use graphical user
interfaces.
<!-- There is at least one case where higher versions are -->
<!-- rewritten in Java which might cause trouble to distribute it for -->
<!-- Debian because very often a non-free virtual Java machine is -->
<!-- required. -->
<!-- Drop the last sentence? I don't think readseq 2 needs anything -->
<!-- non-free... -->
</p>
<p>
The reason for the stalled development is in general that many of
these programs are developed by advanced graduate students. Once they
leave the university often no one bothers to continue the work.
Moreover, sometimes strange licenses prevent further development.
The reasons for these licenses lie also in the kind of development:
Sometimes the university dictates the license or programmers just do
not care about licensing at all. Unfortunately a missing license
makes a piece of software non-free and if the programmer is not
available we cannot ask for a license.
</p>
<p>
An example license which is not DFSG compatible is <htmlurl
url="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html"
name="phylip">'s:
<tscreen><verb>
version 3.56c. (c) Copyright 1993 by Joseph Felsenstein.
Written by Joseph Felsenstein, Akiko Fuseki, Sean Lamont, and Andrew Keeffe.
Permission is granted to copy and use this program provided no fee is
charged for it and provided that this copyright notice is not removed.
</verb></tscreen>
While the authors' goal is quite understandable, it is
impossible to distribute this program on a Debian CD. A vendor might
ship the whole Debian GNU/Linux distribution for a small amount higher
than production costs. It is impossible to satisfy the license in this
case. This fact is a drawback for the software itself because it
prevents the wide distribution on the back of Debian and thus it
misses the opportunity to get a greater user base which is important
for Free Software development.
</p>
<p>
Besides some problematic licenses, we have to face other problems with
computational biology software.
<itemize>
<item>There are some tools with incompatible data formats, so we try
to provide software which does format conversion.
<item>Debian GNU/Linux is available for 11 hardware
architectures. Special servers will automatically build any
necessary binary packages. If this autobuild fails, the
package maintainer
has to address the problem and should send a fix to the
upstream author. Debian also has a bug-tracking system,
allowing users to report problems maintainers might not
encounter (because they are specific to particular hardware
platforms, for instance).
<item>There are many programs with different interfaces. Debian at least
requires a manual page to provide a minimum of information for the
user. Moreover, Debian-Med supplies a reasonable menu entry.
If there is no user interface for command line interfaces this
menu entry presents a pager with some text how to use the program.
</itemize>
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>Supporting developers</heading>
<p>
There are several fields of medical care which lack a
Free Software solution. For instance the following things are
missing:
<descrip>
<tag/Drug database/
Recently a new project to collect data has started.
<tag/Pharmacy/
Some people asked in private mails whether there is some Free
Software which supports pharmacy related work, but currently there
is no such project known.
<tag/Physiotherapy/
The situation is similar to pharmacy software.
<tag/Veterinary practice/
There was a free program for veterinary practice which now is
continued as proprietary project. The last GPLed version is
archived but the development is stalled.
</descrip>
Debian-Med does not develop Free Software but it provides support for
people who try to find solutions for these open problems.
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>Indicate advantages of Free Software to programmers</heading>
<p>
In certain fields of medical care, such as medical imaging or
controlling medical devices, we face some special problems
regarding proprietary software, patented algorithms and medical
devices without documentation for programmers.
</p>
<p>
Different proprietary image formats of medical devices prevent
development of Free Software alternatives. Licensing and patent
problems are another hurdle.
</p>
<p>
There are cases where people tried to write Free Software programs to
control their medical devices because they did not trust the
proprietary software shipped with the device. This way Free Software
replacements of proprietary software which showed some drawbacks
regarding security or usage are coming into existence.
</p>
<p>
Debian-Med just wants to support these efforts and tries to make
software companies aware that Free Software has advantages here.
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>Demanding solid packaging</heading>
<p>
Sometimes packaging of medical software is a complex problem. There
are some really powerful applications, i.e. <htmlurl
url="http://www.hardhats.org/" name="DHCP/VISTA">. This application
has such a complicated setup procedure that only specialists are able
to install it for production purpose. In general, Debian-Med will not
be able to make these systems so simple that any child could install
them. However, reducing the required skill level is still possible,
and would be good.
</p>
<p>
The situation is quite similar for telepathology systems like
<htmlurl url="http://ipath.sourceforge.net/" name="ipath">.
</p>
<p>
Currently medical record definitions for general data exchange are in
progress. There is a reference implementations of <htmlurl
url="http://www.gehr.org/" name="GEHR (OpenEHR)">. Debian-Med tries
to package reference implementations of these record definitions and
allow for reliable data exchange.
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>Packaging documentation and translations</heading>
<p>
Good documentation is kind of a “traditional” weakness of Free
Software. The reason for this fact is just that programmers would rather
spend their time actually coding. Moreover really good documentation
needs writing rather than coding skills. Here is a good possibility
for interested people to give contribution without needing high
technical skills.
</p>
<p>
Here are some examples of documentation regarding Free Software for
medicine which is already packaged for Debian:
<descrip>
<tag/<htmlurl url="http://www.tldp.org/HOWTO/Medicine-HOWTO/" name="The Medicine HOWTO">/
is part of the <htmlurl url="http://www.tldp.org/" name="Linux
Documentation Project (LDP)">. It describes the existing free
medical software and is a good overview about this topic.
Translations of this document would be great.
<tag/<htmlurl url="http://resmedicinae.sourceforge.net/model/analysis/" name="Resmedicinae Analysis Document">/
is an analysis of existing programs which might be useful for medical
care. However, the most interesting part of this document is the
specification of requirements on practice management software. This
is a valuable resource for all programmers of this kind of software.
</p>
<p>
Unfortunately there is only a rudimentary English translation. It
really has to be translated into English completely.
</p>
<p>
Moreover similar analysis documents are needed for other fields
of medical care.
</descrip>
</p>
</sect1>
<sect1>
<heading>Schema</heading>
<p>
<figure>
<eps file="debian-med-schema-en.eps">
<img src="../img/debian-med-schema-en.png">
<caption>Debian-Med</caption>
</figure>
This is the basic structure of the Debian-Med project: packaging
useful Free Software for all fields of medicine while aiming for
optimal integration, by attempting to address the goals
mentioned above. All is done completely under the head of the
<htmlurl url="http://www.debian.org" name="Debian GNU/Linux"> distribution.
</p>
</sect1>
</sect>
*+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<sect>
* <heading>Why use Debian for medical care?</heading>
<heading>Proč užívat Debian ve zdravotní péči?</heading>
<p>
<enum>
* <item>The <htmlurl url="http://www.debian.org" name="Debian GNU/Linux"> distribution
has a strong focus on security and stability,
which is an evident precondition for medical care tasks.
<item>Distribuce <htmlurl url="http://www.debian.org" name="Debian GNU/Linux"> je
silně zaměřena na bezpečnost a stabilitu,
což je evidentní podmínka sine qua non pro úlohy zdravotní péče.
* <item>The powerful packaging tools allow sophisticated depends -
conflicts - replaces combinations to make sure that all
components will work together.
<item>Výkonné balíčkovací nástroje umožňují sofistikované kombinace
(s ohledem na závislosti, konflikty a nahrazení), které zabezpečí,
že všechny komponenty budou pracovat dohromady.
* <item>Debian has strong quality assurance for the packages. One
key feature of this quality management is the <htmlurl
url="http://bugs.debian.org" name="Bug Tracking System"> which
is open for everybody to report bugs and search for certain
known problems.
<item>Debian má přísné zajištění kvality balíků. Klíčovou vlastností
této správy kvality je
<htmlurl url="http://bugs.debian.org" name="Bug Tracking System">,
který je otevřený komukoli, kdo chce podat zprávu o chybách
a vyhledat určité známé problémy.
* <item>Debian is carefully tested. Each package has to undergo an
evaluation process in the so called <tt/unstable/
distribution. Once a package has not shown any important
problem for a certain time period it goes into the
<tt/testing/ distribution. This distribution is the release
candidate for the future <tt/stable/ distribution which is
released only when all release critical bugs are
resolved. This careful testing process is the reason why
Debian has a longer release cycle than other distributions.
However, in terms of stability this is an advantage.
<item>Debian je pečlivě testován. Každý balík musí podstoupit
evaluační proces v tzv. <tt/unstable/ distribuci.
Pokud balík nevykazuje během určité doby žádný závažný problém,
přechází do tzv. <tt/testing/ distribuce. Tato distribuce
je kandidátem na uvolnění v budoucí distribuci <tt/stable/,
která je uvolněna pouze v případě, že jsou již vyřešeny
všechny kritické problémy.
* <item>Each package has to comply with strict rules, the so-called
policy. The advantage of these rules is that they guarantee
that different packages work together smoothly.
<item>Každý balík musí vyhovovat přísným pravidlům, tzv. politice.
Předností těchto pravidel je, že garantují, že spolu budou
dohromady pracovat různé balíky.
* <item>Support of <htmlurl url="http://www.debian.org/ports/" name="11
hardware architectures"> (auto builders:
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/alpha/" name="alpha">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/arm/" name="arm">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/hppa/" name="hppa">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/i386/" name="i386">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/ia64/" name="ia64">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/m68k/" name="m68k">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/mips/" name="mips">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/mips/" name="mipsel">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/powerpc/" name="powerpc">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/s390/" name="s390">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/sparc/" name="sparc">)
<item>Podpora <htmlurl url="http://www.debian.org/ports/"
name="jedenácti hardwareových architektur"> (auto builders:
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/alpha/" name="alpha">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/arm/" name="arm">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/hppa/" name="hppa">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/i386/" name="i386">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/ia64/" name="ia64">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/m68k/" name="m68k">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/mips/" name="mips">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/mips/" name="mipsel">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/powerpc/" name="powerpc">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/s390/" name="s390">,
<htmlurl url="http://www.debian.org/ports/sparc/" name="sparc">)
* <item>Debian is developed by about 1000 volunteers. That means that
every developer is free to maintain programs he is interested
in or he needs for his special tasks in real life. That's
why Debian is able to cover different fields of
specializations — its developers just want to solve
their own special problems. This broad focus is different from
commercial distributions which just try to cover mainstream
tasks.
<item>Debian je vyvíjen zhruba tisícovkou dobrovolníků.
To znamená, že každý vývojář má svobodnou volbu udržovat programy,
na kterých je zainteresován anebo které potřebuje ke svým
speciálním úlohám v reálném životě. To je to, proč je Debian
schopen pokrýt rozličná pole specializací —
jeho vývojáři pouze chtějí řešit své vlastní problémy.
Takto široké zaměření je rozdílné od komerčních distribucí,
které se pouze pokoušejí pokrýt zájmy průměrné části obyvatelstva.
* <item>Moreover Debian developers need not care about the advice
of a boss. All developers can have the same influence on
development — they just have to <bf/do/ it if they want a
certain feature realized.
<item>Navíc se Debianí vývojáři nemusí starat o pokyny svých šéfů.
Všichni vývojáři mají ten samý vliv na vývoj —
pouze to musí <bf/udělat/, jestliže chtějí realizovat
nějakou určitou funkci.
</enum>
</p>
</sect>
<sect>
* <heading>How does Debian-Med work?</heading>
<heading>Jak Debian-Med pracuje?</heading>
<sect1>
* <heading>Metapackages</heading>
<heading>Metabalíky</heading>
* <p>
Metapackages are Debian packages with practically no real
content. They just contain dependencies on other Debian packages.
As such, if you want to install a meta package which depends on a
collection of medical software for a certain task all these
packages have to be installed to resolve the dependencies of the
meta package.
</p>
<p>
Metabalíky jsou debianí balíky s prakticky nulovým reálným obsahem.
Pouze obsahují určité závislosti na jiných debianích balících.
Tím je zajištěno, že pokud si chcete nainstalovat nějaký metabalík,
který závisí na nějaké kolekci zdravotního software pro určitou úlohu,
nainstalují se automaticky všechny potřebné balíky, aby byly splněny
závislosti metabalíku.
</p>
*<p>
As a consequence, no research for available medical software is
necessary. Simply installing the appropriate metapackage will
install all necessary stuff. Therefore, the user is not forced to
browse the whole package list of Debian, which contains more than
10.000 packages and thus would definitely confuse a normal user
because he does only need a very limited subset of this amount of
packages.
</p>
<p>
Důsledkem toho pak není nutné žádné pátrání po dostupném zdravotnickém
software. Jednoduše – nainstalování příslušného metabalíku
nainstaluje všechny potřebné balíky. Tudíž uživatel není nucen
prohledávat celý seznam Debianu, obsahující přes 10 000 balíků,
což by zcela zmátlo běžného uživatele, který potřebuje
jen velmi omezenou část tohoto množství.
</p>
*<p>
The simple technique of installing all packages covering a certain
tasks allows easy comparison between software covering the same
task. This allows users to find out which one fits their habits
best.
</p>
<p>
Jednoduchá technika instalace všech balíků, pokrývajících určité úlohy,
umožňuje snadné porovnání mezi softwareem, pokrývajícím tu samou úlohu.
To umožňuje uživatelům najít ten správný software, nejlépe vyhovující
jeho zvykům.
</p>
*<p>
Metapackages have a further advantage: they make the system safe
against accidental removal of packages which might be useful to
solve certain tasks.
</p>
<p>
Metabalíky mají další přednost: zabezpečují systém proti náhodnému
odstranění balíků, které by mohly být užitečné pro řešení určitých
úloh.
</p>
*<p>
A further option is to declare conflicts on incompatible
packages. For instance it might seem sane to install only one
practice management system in one medical practice so as not to
confuse patient databases. So it has to made sure that only one
such system is installed.
</p>
<p>
Další možností je deklarovat konflikty nekompatibilních balíků.
Například vypadá rozumně instalovat pouze jeden systém pro správu
ordinace, aby se nepopletly databáze pacientů. Uvedený mechanismus
zajistí, že bude instalován pouze jeden takový systém.
</p>
*<p>
Thus, meta packages are a useful tool for easy installation of a
reliable system with low administration effort. The technique
of meta packages and how to use them optimally is explained in
detail in a <htmlurl
url="http://people.debian.org/~tille/debian-med/talks/" name="talk
about Debian internal projects"> by <htmlurl
url="mailto:tille@debian.org" name="Andreas Tille">.
</p>
<p>
Tudíž, metabalíky jsou užitečným nástrojem pro jednoduchou instalaci
spolehlivého systému s nízkým administračním úsilím.
Techniku metabalíků a jak ji optimálně využít, podrobně vysvětluje
<htmlurl url="mailto:tille@debian.org" name="Andreas Tille">
ve své <htmlurl
url="http://people.debian.org/~tille/debian-med/talks/"
name="přednášce o interních projektech Debianu">.
</p>
</sect1>
<sect1>
* <heading>Special configuration</heading>
<heading>Speciální konfigurace</heading>
<p>
* Meta packages might contain adapted configuration to adapt certain
packages to work best for the intended use. In this way it is
possible to care for the special needs of Debian-Med users.
Metabalíky mohou obsahovat přizpůsobenou konfiguraci,
pomocí které přizpůsobí určité balíky, aby co nejlépe pracovaly
v kýženém záměru. Tímto způsobem je možné zabezpečit speciální
potřeby uživatelů Debian-Med.
</p>
</sect1>
<sect1>
* <heading>Documentation packages</heading>
<heading>Dokumentační balíky</heading>
<p>
* As explained above, documentation is one important goal of
Debian-Med. Consequently, packaging and creating of relevant
documentation is an important part of the Debian-Med project.
Jak bylo objasněno výše, dokumentace je důležitým cílem Debian-Med.
Důsledkem toho je balíkování a vytváření související dokumentace
důležitou částí projektu Debian-Med.
</p>
<p>
* As for translation, it might be reasonable to use the
technology of the <htmlurl url="http://ddtp.debian.org"
name="Debian Description Translation Project">.
Pro překlad může být rozumné použít technologii popsanou na
<htmlurl url="http://ddtp.debian.org"
name="Debian Description Translation Project">.
</p>
</sect1>
<sect1>
* <heading>User roles</heading>
<heading>Role uživatele</heading>
<p>
* Normally there are many more applications available on a computer
than an average user would need. On the other hand, not all
application should necessarily be available for all users. This
brings some role concept into mind.
Normálně je na počítači dostupných mnohem více aplikací než
může průměrný uživatel potřebovat. Na druhé straně, ne všechny
aplikace by měly být dostupné všem uživatelům. To nás přivádí
na myšlenku konceptu role .
</p>
<p>
* So Debian-Med defines the group <tt/med/ which administrators can easily
managed via <tt/debconf/. When installing the package
<tt/med-common/, on which all Debian-Med packages depend, the
system administrator defines a group of medicine users. These users
will be presented with an extra menu "<tt/Med/" which just contains
the medical applications which are installed on the system. This
makes it easy to concentrate on the tasks the users want to solve.
Tak Debian-Med definuje skupinu <tt/med/, kterou může administrátor
jednoduše spravovat pomocí utility <tt/debconf/.
Když administrátor instaluje balík <tt/med-common/, na kterém
závisí všechny ostatní balíky Debian-Med, definuje přitom skupinu
"medicine users". Těmto uživatelům bude presentována zvláštní nabídka
"<tt/Med/", která obsahuje medicínské aplikace instalované na systému.
To usnadňuje koncentrovat se na úlohy, které chtějí uživatelé
řešit.
</p>
<p>
* Moreover users of role <tt/med/ could have extra configuration
which prepares the applications for optimal use.
Navíc uživatelé s rolí <tt/med/ mohou mít svou zvláštní konfiguraci,
která připraví aplikace pro optimální použití.
</p>
<p>
* Other users which are not members of the group <tt/med/ will not be
bothered with this additional stuff.
Ostatní uživatelé, kteří nejsou členy skupiny <tt/med/,
nebudou obtěžování takovou pro ně nadbytečnou veteší.
</p>
</sect1>
<sect1>
* <heading>What Debian-Med does not do</heading>
<heading>Co Debian-Med nedělá</heading>
<p>
* <bf/Debian-Med does not develop medical software./
<bf/Debian-Med nevyvíjí meidcínský software./
* This is a frequently asked question because interested people often
think that the Debian-Med project aims to develop medical
software. This is wrong. As Debian is just a distribution of
third party Free Software in general, Debian-Med just maintains for the
part of Debian which is useful for medical care.
To je často kladená otázka, protože lidé, kteří se o Debian-Med
zajímají, si často myslí, že zaměření tohoto projektu tkví
ve vývoji medicínského software. To není pravda. Tak jako je Debian
obecně pouze distribucí freesoftu třetí strany, Debian-Med pouze
udržuje část Debianu, užitečnou pro zdravotní péči.
</p>
<p>
* So Debian-Med is just responsible for smooth integration of third party
medical software into Debian. This software is developed by other
people which generally are happy that their software is distributed
with the well known Debian GNU/Linux distribution.
Tak je Debian-Med pouze zodpovědný za hladkou integraci medicínského
software, vytvořeného třetí stranou, do Debianu. Tento software
je vyvíjen jinými lidmi, kteří jsou obvykle rádi, že jejich software
je distribuován vyhlášenou distribucí Debian GNU/Linux.
</p>
</sect1>
</sect>
<sect>
* <heading>Problems for implementation</heading>
<heading>Problémy implementace</heading>
<sect1>
* <heading>Certification</heading>
<heading>Certifikace</heading>
<p>
*Health insurance agencies demand correct supply of data which have to be
compliant with the law of their particular countries. In the case of
erroneous submitted data the user might run into big trouble. Therefore,
accurate accounting is an absolute must for practice management
systems. Only providers able to provide accurate data will stay
at the market. This is true for both kinds of systems: Open and Closed
Source.
Zdravotní pojišťovny požadují dodání správných údajů, které musí být
v souhlase se zákonnými úpravami toho kterého státu. V případě
dodání chybných dat se může uživatel dostat do velkých potíží.
Proto je přesně vedené účetnictví absolutním požadavkem kladeným
na systém správy ordinace. Pouze ten, kdo je schopný poskytnout
přesné údaje, zůstane na trhu. To platí pro oba druhy systémů,
ať už se jedná o open-source nebo closed-source.
</p>
<p>
*As such, certifications for practice management software are needed. The
German BMfGS (Ministry of Health and Social Care) has indicated that
this should also be possible for Open Source software.
Tím pádem je nutná certifikace software pro správu ordinace.
Německé BMfGS (Ministerstvo zdravotnictví a sociálních věcí)
naznačilo, že to bude možné i pro open-source software.
</p>
<p>
*There is also a precedent where Open Source software was certified:
Deutsche Teleckm only lets certified software access the
firmware of ISDN-cards. So the drivers in the Linux kernel for those
ISDN cards need certification. This will be done by defining a MD5 checksum
which the code has to match.
Máme zde ale už i precedens, kdy byl certifikovný open-source software:
Německý Telecom dovolí nějakému software přistupovat k firmvéru
ISDN-karet pouze v případě, že je certifikovaný. Tudíž drivery
v Linuxovém jádru pro tyto ISDN-karty potřebují certifikaci.
To lze provést definováním kontrolního součtu MD5, se kterým musí
programový kód souhlasit.
</p>
<p>
*Technically this is realized by registering the checksum of the
certified source code. The verification of this checksum ensures that
the actual code is identical with the code which was certified.
Technicky je to realizováno registrací kontrolního součtu
certifikovaného zdrojového kódu. Verifikace tohoto kontrolního
součtu zajistí, že skutečný kód je identický s kódem, který
byl certifikován.
<!-- http://www.wolf-b.de/i4l/i4lfaq-de-8.html#ss8.26 -->
</p>
</sect1>
<sect1>
* <heading>Changing legal guidelines</heading>
<heading>Změny právních směrnic</heading>
<p>
*Sometimes the guidelines fixed by law may change with very short deadlines.
This means the practice management software has to be
changed very quickly and the user depends on timely changes.
Often users have doubts that Open Source software developers
could afford this because it is common sense that Open Source software
is developed by some funny geeks hacking around on their keyboards far
from daylight. But this prejudice is very outdated.
Občas se směrnice ustanovené zákonem mohou měnit ve velmi krátkých lhůtách.
To znamená, že software pro správu ordinace se musí měnit velmi rychle
a uživatelé jsou závislí na včasných změnách.
Často mají uživatelé pochybnosti, zda je vývojáři open-source software
mohou včas poskytnout, neboť obecné povědomí napovídá, že open-source
software je vyvíjen jakýmisi podivnými kejklíři hackujících na svých
klávesnicích daleko od denního světla. Avšak tato předpojatost je
dávno překonaná.
</p>
<p>
*Production systems for practice management software definitely require
commercial support. Users have to learn that Free Software does not
mean free like free beer. Well the code is free of charge but if
users want commercial support they have to pay for it. They have to
pay for it as they would have to for any other piece of software
they use in their practice. This is no different. The advantage is
that the availability of the source code makes support easier and
users are safe for the future. So in the longterm run Open Source
software will be cheaper but you do not get it for nothing.
Produktivní softwareové systémy pro správu ordinace rozhodně vyžadují
komerční podporu. Uživatelé se musí naučit že svobodný software
neznamená "volný" ve smyslu jako je "pivo zdarma". Ano, programový kód
je zdarma dostupný, avšak pokud chtějí mít uživatelé komerční podporu,
musí za ní platit. Musí za ní platit stejně jako za každý jiný kousek
software, který používají ve své ordinaci. V tom není rozdílu.
Výhodou je, že dostupnost zdrojového kódu usnadňuje podporu
a uživatelé mají jistotu do budoucna. Takovým způsobem vyjde
provoz open-source software z dlouhodobé perspektivy levněji.
</p>
*---------------------
<p>
*Moreover analyses show that free availability of the source code makes
the work of service providers more easy, provides insurance for
continuous independence from producer and thus it is less expensive in
the long term run. Using the change of legal guidelines as an example
it should made clear that Free Software is not identical to free of
charge usage. Of course greater institutions like hospitals are able
to hire specialists who might replace external service providers but
also these specialists cost money.
*Navíc analýzy ukazují, že volná dostupnost zdrojového kódu
zjednodušují práci těm, kteří zajišťují servis.
</p>
<p>
Commercial support requires the expert knowhow of bioinformaticists
who have knowledge in both fields: software engineering and
medicine. This leads to a business model for companies that sell
support for medical Free Software
<itemize>
<item>The software itself is free of charge.
<item>The companies still earn money by
<descrip>
<tag/Consultation/
regarding meaningful usage of Free Software or the choice
between different Free Software projects solving the same
problem. This implies a detailed knowledge of the Free Software
market. Debian-Med will give a good overview about different
solutions.
<tag/Installation/
of the software in customers office. The ideal situation would
be if all necessary programs would be included in Debian to
enable trouble-free installation.
<tag/Support/
by adapting the software to special requirements can be done by
a support company. However, it is in the interest of the
support company to forward these changes to the upstream authors
to get those new features included in future versions. For this
purpose the Debian Bug Tracking System might be used to supply
patches.
<tag/Updating/
of the installed software in case of security issues or new
versions. Debian shows its strength here because this is solved
by powerful tools which are of really great help for a support
company.
</descrip>
</itemize>
</p>
*+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
</sect1>
</sect>
*----------------------------------------
<sect>
<heading>Future</heading>
<p>
The first steps are done in the form of metapackages which can be
used to install medical software. Developers and upstream authors
have been encouraged to package additional medical software which is not
yet available in Debian. More packages are visible on the horizon.
</p>
<p>
Moreover there are documents written and the requirements for a user menu
structure are fixed, waiting for the new implementation of the Debian
menu system. The interest regarding the Debian-Med project was
increased by giving <htmlurl url="http://people.debian.org/~tille/debian-med/talks/"
name="several talks">.
</p>
<p>
On the one hand this attracted developers of free medical software
projects. They hope for an increasing popularity of their project
while Debian-Med lives from the work of those developers. Thus a kind
of symbiosis can be observed.
</p>
<p>
On the other hand there is an increasing interest from users who
partially offered to help regarding to their skills. In this way
Debian-Med is kind of a link between developers and users.
</p>
<p>
So the first version of Debian-Med will be included in the next stable
Debian release, code-named <tt/Sarge/. This does not mean that
<tt/Sarge/ will be fit to solve all medical tasks, because this
depends mainly on the state of the quality of the upstream developed
software. But the goal is to have several kinds of software packaged
for evaluation and testing at least.
</p>
<p>
Moreover a <htmlurl url="http://www.knopper.net/knoppix/"
name="Knoppix">-based Live-CD already serves as a tool for
easy demonstration of the power of Debian-Med.
</p>
</sect>
*++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
</article>